aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

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1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


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# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

51p-cluster00056 COG1132 [V]Leukotoxin translocation ATP-bindin2190        * *   *                   *                              
52p-cluster00057 COG1092 [R]23S rRNA methyltransferase2160        * *   *                   *                              
53p-cluster00058 COG2217 [P]metal ABC transporter ATPase2157        * *   *                                                  
54p-cluster00060 COG1289 [S]membrane protein2139                                                                 
55p-cluster00061 COG0280 [C]phosphate acetyltransferase2133        * *     *                 *                              
56p-cluster00062 COG1328 [F]ribonucleoside-triphosphate reducta2124        * * * * *   * *     *   * *                   * *        
57p-cluster00063 COG3209 [M]hypothetical protein4584*                                                   *            
58p-cluster00064 COG0751 [J]glycyl-tRNA synthetase2151        * *   *                 * *                              
59p-cluster00065 COG0021 [G]transketolase1995        * *                                                      
60p-cluster00066 COG0480 [J]elongation factor G2100*   * * * * * * * * * * * * * * * *       * * * *   * * * * * *  
61p-cluster00067 COG1197 [LK]ATP-dependent DNA helicase RecG2079                                                    *            
62p-cluster00068 COG1297 [S]oligopeptide transporter, OPT famil2079      * * *   *     *           * *                 *            
63p-cluster00069 COG1640 [G]4-alpha-glucanotransferase2097                                                                 
64p-cluster00070 COG1178 [P]iron ABC transporter permease2055        * *   *             * * * *             *                
65p-cluster00071 COG0556 [L]excinuclease ABC subunit B2040        * *   *                   *                              
66p-cluster00072 Uncategoriziedhypothetical protein495    * * * * * * *                                                
67p-cluster00073 COG0272 [L]NAD-dependent DNA ligase LigA2013                *                                                
68p-cluster00074 COG0210 [L]DNA-dependent helicase II2172                *                                                
69p-cluster00077 COG0768 [M]penicillin-binding protein 21959        * *     *                 *                              
70p-cluster00078 COG1138 [O]heme lyase subunit CcmF2112*       * *                       *                     *   *    
71p-cluster00079 COG0441 [J]threonine--tRNA ligase1929*   * * * *   * * * * * * *       *                              
72p-cluster00080 COG0464 [O]ATP-dependent metalloprotease1950          *     *               * *                   *          
73p-cluster00081 COG1502 [I]phospholipase2199*   * * * * * * *