aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

Keyword search
Search for
Also include clusters with significant sequence similarity
Also include clusters containing upstream and downstream genes (Must sort rows by Gene position in a genome first)

BLAST search
Sequence type

Row sorting and cell coloring options
Sort rows by Order rows in
Color cells by Display rows

Row filtering options
 Show COG of type
 Show clusters with minimum expected length of bp
Show clusters containing genes near the ends of contigs
Show clusters containing genes with frameshift mutation

Display column
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


<< Prev    Next >>
First Page    Last Page
Go to page   / 67  

# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster00650 COG5295 [UW]adhesin6300        * *   * *   *           * *                   * *     *  
2p-cluster02507 COG5295 [UW]autotransporter adhesin6195                                                                 
3p-cluster02156 COG3209 [M]type IV secretion protein Rhs5988                      *   *       *                           *  
4p-cluster01487 COG2373 [R]alpha-2-macroglobulin5769        * *   * *                 *                   *          
5p-cluster00063 COG3209 [M]hypothetical protein4584*                                                   *            
6p-cluster01488 COG3096 [D]cell division protein MukB4491                *     *                                 *        
7p-cluster03059 COG1216 [R]hypothetical protein4305                            *                                    
8p-cluster00004 COG0086 [K]DNA-directed RNA polymerase subunit4266          *   * *     *                   * * * *   * * * * *    
9p-cluster01922 COG1643 [L]RNA helicase4110      * * *   * *               * *                   * *        
10p-cluster00005 COG0085 [K]DNA-directed RNA polymerase subunit4026          *                       *                              
11p-cluster01237 COG5295 [UW]hypothetical protein3954                                                                 
12p-cluster00006 COG2911 [S]tubulin-binding protein3900        *       *                                                
13p-cluster02315 COG0047 [F]phosphoribosylformylglycinamidine s3891                                                                 
14p-cluster02300 COG0646 [E]methionine synthase3687                                                                 
15p-cluster02295 COG3523 [S]type VI secretion protein3681                                                                 
16p-cluster01118 COG1074 [L]exodeoxyribonuclease V subunit beta3666        * *     *                                     *          
17p-cluster00090 COG1132 [V]cysteine/glutathione ABC transporte3492                *     *                                          
18p-cluster00008 COG0587 [L]DNA polymerase III subunit alpha3474                *                           *                    
19p-cluster00007 COG1197 [LK]transcription-repair coupling facto3468          *     *                                                
20p-cluster01119 COG0318 [IQ]2-acyl-glycerophospho-ethanolamine 3459        * *   * *     *           *                              
21p-cluster00009 COG1330 [L]exodeoxyribonuclease V subunit gamm3414                                                                 
22p-cluster21648 COG1112 [L]DNA helicase3339                                                                 
23p-cluster01120 COG0668 [M]hypothetical protein3336      *         *                 *                     *        
24p-cluster33509 COG5281 [S]phage tail length tape measure prot3330                                                                 
25p-cluster03063 COG5281 [S]tail protein3297*                                                   *            
26p-cluster03091 Uncategoriziedtype III restriction protein, res s3288                                                                 
27p-cluster01923 COG1203 [R]helicase3285          *     *                                                
28p-cluster02254 COG1404 [O]serine protease3228