fnuc Gene Table Build 14_03_12 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

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1) YH7053
2) YH7054
3) YH7055
4) YH7056
5) YH7199
6) animalis-4_8
7) animalis-3_1_33
8) animalis-7_1
9) animalis-D11
10) animalis-ATCC51191
11) animalis-F0419
12) animalis-21_1A
13) animalis-11_3_2
14) fusiforme-ATCC51190
15) nucleatum-ATCC23726
16) polymorphum-ATCC10953
17) polymorphum-F0401
18) vincentii-3_1_36A2
19) vincentii-4_1_13
20) 13_3C
21) CTI-5
22) CTI-6
23) CTI-7
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1) YH7053
2) YH7054
3) YH7055
4) YH7056
5) YH7199
6) animalis-4_8
7) animalis-3_1_33
8) animalis-7_1
9) animalis-D11
10) animalis-ATCC51191
11) animalis-F0419
12) animalis-21_1A
13) animalis-11_3_2
14) fusiforme-ATCC51190
15) nucleatum-ATCC23726
16) polymorphum-ATCC10953
17) polymorphum-F0401
18) vincentii-3_1_36A2
19) vincentii-4_1_13
20) 13_3C
21) CTI-5
22) CTI-6
23) CTI-7
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) YH7053
2) YH7054
3) YH7055
4) YH7056
5) YH7199
6) animalis-4_8
7) animalis-3_1_33
8) animalis-7_1
9) animalis-D11
10) animalis-ATCC51191
11) animalis-F0419
12) animalis-21_1A
13) animalis-11_3_2
14) fusiforme-ATCC51190
15) nucleatum-ATCC23726
16) polymorphum-ATCC10953
17) polymorphum-F0401
18) vincentii-3_1_36A2
19) vincentii-4_1_13
20) 13_3C
21) CTI-5
22) CTI-6
23) CTI-7


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# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Fusobacterium nucleatum YH7053

Fusobacterium nucleatum YH7054

Fusobacterium nucleatum YH7055

Fusobacterium nucleatum YH7056

Fusobacterium nucleatum YH7199

Fusobacterium nucleatum subsp. animalis 4_8

Fusobacterium nucleatum subsp. animalis 3_1_33

Fusobacterium nucleatum subsp. animalis 7_1

Fusobacterium nucleatum subsp. animalis D11

Fusobacterium nucleatum subsp. animalis ATCC 51191

Fusobacterium nucleatum subsp. animalis F0419

Fusobacterium nucleatum subsp. animalis 21_1A

Fusobacterium nucleatum subsp. animalis 11_3_2

Fusobacterium nucleatum subsp. fusiforme ATCC 5119

Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 2372

Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum ATCC 10

Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum F0401

Fusobacterium nucleatum subsp. vincentii 3_1_36A2

Fusobacterium nucleatum subsp. vincentii 4_1_13

Fusobacterium nucleatum 13_3C

Fusobacterium nucleatum CTI-5

Fusobacterium nucleatum CTI-6

Fusobacterium nucleatum CTI-7

1trna-cluster000902 UncategoriziedtRNA-Leu75                                             
2trna-cluster000234 UncategoriziedtRNA-Leu88                                             
3trna-cluster000188 UncategoriziedtRNA-Asn76            *   *       * *             * * *
4trna-cluster000186 UncategoriziedtRNA-Ile77                        *                   *
5trna-cluster000080 UncategoriziedtRNA-Lys76    * *                                      
6trna-cluster000047 UncategoriziedtRNA-Gly76  * *                                   *    
7trna-cluster000046 UncategoriziedtRNA-Ala77    *                   *               * * *
8trna-cluster000031 UncategoriziedtRNA-Leu84    * * *                                 *  
9trna-cluster000029 UncategoriziedtRNA-His76* * * * *         *                          
10trna-cluster000028 UncategoriziedtRNA-Gly76* * * * *         *                          
11trna-cluster000026 UncategoriziedtRNA-Trp76                          *                  
12trna-cluster000025 UncategoriziedtRNA-Arg77    *             *                          
13trna-cluster000023 UncategoriziedtRNA-Asp78* *   * *   *                           *    
14trna-cluster000021 UncategoriziedtRNA-Cys74* *   * *   *                                
15trna-cluster000020 UncategoriziedtRNA-Arg77                                             
16trna-cluster000019 UncategoriziedtRNA-Leu88* * * *                                      
17trna-cluster000018 UncategoriziedtRNA-Met77* * * *                                      
18trna-cluster000016 UncategoriziedtRNA-Phe76* *     *   *                                
19trna-cluster000015 UncategoriziedtRNA-Val76* *   * *   *                           * *  
20trna-cluster000013 UncategoriziedtRNA-Tyr85*                 *                          
21trna-cluster000012 UncategoriziedtRNA-Glu75*   * * *                                    
22trna-cluster000011 UncategoriziedtRNA-Thr76* * *   *                               *    
23trna-cluster000010 UncategoriziedtRNA-Arg77  * * *           *                          
24trna-cluster000009 UncategoriziedtRNA-Leu87  * * *           *                          
25trna-cluster000008 UncategoriziedtRNA-Met77*   *                                     *  
26trna-cluster000007 UncategoriziedtRNA-Pro77* * * * *         *                          
27trna-cluster000006 UncategoriziedtRNA-Gln75    * * *         *                       *  
28trna-cluster000005 UncategoriziedtRNA-Ser90  *   * *         *                          
29trna-cluster000004 UncategoriziedtRNA-Ser84* *   * *         *                          
30trna-cluster000003 UncategoriziedtRNA-Lys76* *   *                                      
31trna-cluster000002 UncategoriziedtRNA-Arg77* * * *                                      
32trna-cluster000001 UncategoriziedtRNA-Met78* * * *                                      
33rrna-cluster000070 Uncategorizied23S ribosomal RNA1085                  *                 *        
34rrna-cluster000062 Uncategorizied23S ribosomal RNA434