aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

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1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


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# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1trna-cluster00044 UncategoriziedtRNA-Lys77        *     * *   *             *                              
2trna-cluster00043 UncategoriziedtRNA-Asp77                                                                 
3trna-cluster00042 UncategoriziedtRNA-Ser90                                                                 
4trna-cluster00041 UncategoriziedtRNA-Val76        * *   *     *             *                              
5trna-cluster00040 UncategoriziedtRNA-Glu76*     *   * *     *   *     *   *         *           * *        
6trna-cluster00037 UncategoriziedtRNA-Thr76*   *   * * * * * * * * * * * * * *       * * * *   * * * * * *  
7trna-cluster00035 UncategoriziedtRNA-Leu86              *                   *                              
8trna-cluster00034 UncategoriziedtRNA-Val77              *                 * *                              
9trna-cluster00033 UncategoriziedtRNA-Cys74        * *                       *                              
10trna-cluster00032 UncategoriziedtRNA-Gly75*   *   * * * * * * * * * * * * * *       * * * *   * * * * * *  
11trna-cluster00031 UncategoriziedtRNA-Trp76                *   *         *     *                         *  
12trna-cluster00028 UncategoriziedtRNA-Phe76          *   *     *                                            
13trna-cluster00027 UncategoriziedtRNA-His76*   * *   * * * * *   * * * * *   * *     * * * *   *   * * * *  
14trna-cluster00026 UncategoriziedtRNA-Met77        *                         *                              
15trna-cluster00025 UncategoriziedtRNA-Met77                            * *                                  
16trna-cluster00023 UncategoriziedtRNA-Arg77*   * *   * * * *     * * *   *   * *       * * *   *   * * * *  
17trna-cluster00022 UncategoriziedtRNA-Arg77              *     *                     * * * *   * * *   *    
18trna-cluster00021 UncategoriziedtRNA-Tyr85        * *   *               *                       *       *  
19trna-cluster00020 UncategoriziedtRNA-Leu85        *                         *                              
20trna-cluster00019 UncategoriziedtRNA-Leu86              * *                                                
21trna-cluster00018 UncategoriziedtRNA-Leu87        *                                                        
22trna-cluster00017 UncategoriziedtRNA-Leu87        * *                                                      
23trna-cluster00016 UncategoriziedtRNA-Ser90                                  *                              
24trna-cluster00015 UncategoriziedtRNA-Ser91          *                       *                              
25trna-cluster00014 UncategoriziedtRNA-SeC(p)91                                                                 
26trna-cluster00013 UncategoriziedtRNA-Ser97                                                                 
27trna-cluster00012 UncategoriziedtRNA-Ala76*   * * * * * * * * * * * * * * * *       * * * *   * * * * * *  
28trna-cluster00011 UncategoriziedtRNA-Ile77*   * * * * * * * * * * * * * * * *       *