aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

Keyword search
Search for
Also include clusters with significant sequence similarity
Also include clusters containing upstream and downstream genes (Must sort rows by Gene position in a genome first)

BLAST search
Sequence type

Row sorting and cell coloring options
Sort rows by Order rows in
Color cells by Display rows

Row filtering options
 Show COG of type
 Show clusters with minimum expected length of bp
Show clusters containing genes near the ends of contigs
Show clusters containing genes with frameshift mutation

Display column
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


<< Prev    Next >>
First Page    Last Page
Go to page   / 67  

# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster15385 COG1949 [A]oligoribonuclease546        * *   *     *             *                              
2p-cluster39472 COG0022 [C]transketolase942                                                                 
3p-cluster08632 COG0039 [C]malate dehydrogenase1044        * * * *                 *                                
4p-cluster00324 COG0045 [C]succinyl-CoA synthetase subunit bet1167          *                       *                              
5p-cluster00152 COG0056 [C]ATP F0F1 synthase subunit alpha1539                                  *                              
6p-cluster00555 COG0074 [C]succinyl-CoA synthetase subunit alp876*   *   * *   *   * * *                               * *     *  
7p-cluster14765 COG0074 [C]hypothetical protein156                                                        *        
8p-cluster00207 COG0114 [C]aspartate ammonia-lyase1416          *   *                   *                              
9p-cluster00879 COG0221 [C]inorganic pyrophosphatase525        * *                                                      
10p-cluster00557 COG0224 [C]ATP F0F1 synthase subunit gamma867                                                                 
11p-cluster00419 COG0240 [C]hypothetical protein1014                                                                 
12p-cluster00033 COG0243 [C]trimethylamine N-oxide reductase I 2487      * * *   * *   *             *                   *          
13p-cluster01126 COG0243 [C]nitrate reductase2484        * *   *                   *                              
14p-cluster39603 COG0243 [C]dimethyl sulfoxide reductase subuni687                    *                                            
15p-cluster02597 COG0247 [C]hypothetical protein729                                                                 
16p-cluster01121 COG0277 [C]membrane protein3096        * *   * *                 *                              
17p-cluster00061 COG0280 [C]phosphate acetyltransferase2133        * *     *                 *                              
18p-cluster01131 COG0280 [C]malic enzyme2271        * *   *     *             *                              
19p-cluster02179 COG0281 [C]malate oxidoreductase [NAD]1635                                                                 
20p-cluster39600 COG0281 [C]NADH-ubiquinone oxidoreductase861                    *                                            
21p-cluster00293 COG0282 [C]acetate kinase1200          *           *           *                              
22p-cluster00545 COG0348 [C]quinol dehydrogenase879                                                                 
23p-cluster00968 COG0355 [C]ATP synthase F0F1 subunit epsilon426                                  *                              
24p-cluster00626 COG0356 [C]ATP synthase F0F1 subunit A786        * *   *                   *                              
25p-cluster03118 COG0374 [C]hydrogenase 2 large subunit1707                                                                 
26p-cluster00646 COG0377 [C]hydrogenase774                *   * *   *   *   *                              
27p-cluster00501 COG0437 [C]hydrogenase1038                                  *                              
28p-cluster39654 COG0437 [C]dimethyl sulfoxide reductase621      * *     *                                                  
29p-cluster00297 COG0508 [C]pyruvate dehydrogenase1878          *     *                 *                              
30p-cluster14764 COG0508 [C]dihydrolipoamide succinyltransferas219                                                        *        
31p-cluster39617 COG0508 [C]dihydrolipoamide succinyltransferas945                                                        *        
32p-cluster00014 COG0567 [C]2-oxoglutarate dehydrogenase2886      *           *                                              
33p-cluster00141 COG0578 [C]FAD-dependent oxidoreductase1590      *   *                       *                   *          
34p-cluster00360 COG0584 [C]glycerophosphodiester phosphodieste1137          *                       *                       *      
35p-cluster01030 COG0633 [C]2Fe-2S ferredoxin339                                                                 
36p-cluster01091 COG0633 [C](2Fe-2S)-binding protein288        * *                       *                              
37p-cluster01088 COG0636 [C]ATP synthase subunit C252          *                       *                              
38p-cluster01048 COG0644 [C]FAD-dependent oxidoreductase1233                                                                 
39p-cluster00117 COG0649 [C]hydrogenase 3 large subunit1728                *                                                
40p-cluster00466 COG0650 [C]hydrogenase 3 membrane subunit963                                                                 
41p-cluster00454 COG0667 [C]aldo/keto reductase1134        * *                       *                              
42p-cluster00944 COG0680 [C]hydrogenase 3 maturation protease459          *           *                                          
43p-cluster03802 COG0680 [C]hydrogenase 2 maturation endopeptid477                                  *                              
44p-cluster01570 COG0711 [C]ATP synthase subunit B468                                                                 
45p-cluster00868 COG0712 [C]ATP F0F1 synthase subunit delta546                                                                 
46p-cluster00885 COG0716 [C]flavodoxin FldA522        * *   *                   *                              
47p-cluster03652 COG0716 [C]flavodoxin582                                                                 
48p-cluster06321 COG0716 [C]mioC441        * *   *     *             *                              
49p-cluster00690 COG0778 [C]nitroreductase A732          *     *                                                
50p-cluster01365 COG0778 [C]NAD(P)H nitroreductase657                                                                 

Please send any comment/suggestion to kitticho@uw.edu
Compatible browswer

tumblr site counter

 

Gene Completeness

>=100%
=70%
<70%

: Similar sequence present
: Not present

* : Within 300 bp from ends
F : Possible frameshift
I : Island genes