aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

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1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


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# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster01955 COG0790 [R]hypothetical protein1173*   * * * * * * * * * * * *                                   *  
2p-cluster00313 COG1448 [E]aromatic amino acid aminotransferas1188        * *     *               * *                              
3p-cluster01655 COG1309 [K]AcrR family transcriptional regulat561        * *                     * *                              
4p-cluster01264 COG0845 [M]hemolysin D978              *     *                                            
5p-cluster39923 COG1131 [V]multidrug ABC transporter ATP-bindi2742      * * *   *     *           * *       * * *     *     * *    
6p-cluster00345 COG0842 [V]ABC transporter permease1125                                                                 
7p-cluster39923 COG1131 [V]multidrug ABC transporter ATP-bindi2742      * * *   *     *           * *       * * *     *     * *    
8p-cluster00203 COG1538 [MU]membrane protein1416        * *   * *   * * * *       *                     *        
9p-cluster00227 Uncategoriziedpatatin1365        * *     *                                                
10p-cluster00268 COG0665 [E]oxidoreductase1293        * *   *     *             *                              
11p-cluster39602 COG0665 [E]hypothetical protein243                    *                                            
12p-cluster00639 COG0834 [ET]amino acid ABC transporter substrat777        * *   *                   *                              
13p-cluster00704 COG0765 [E]cysteine ABC transporter permease720          *                                                      
14p-cluster00350 COG1131 [V]hypothetical protein1206        * *   *                   *                   *       *  
15p-cluster01064 COG3839 [G]molybdenum ABC transporter ATP-bind1059                                                                 
16p-cluster39743 COG2168 [P]hypothetical protein285                                                                 
17p-cluster01017 COG2923 [P]sulfur relay protein TusC360                *                                                
18p-cluster39792 Uncategoriziedsulfur relay protein TusD/DsrE108                *                                                
19p-cluster02797 Uncategoriziedhypothetical protein270                        *