aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

Keyword search
Search for
Also include clusters with significant sequence similarity
Also include clusters containing upstream and downstream genes (Must sort rows by Gene position in a genome first)

BLAST search
Sequence type

Row sorting and cell coloring options
Sort rows by Order rows in
Color cells by Display rows

Row filtering options
 Show COG of type
 Show clusters with minimum expected length of bp
Show clusters containing genes near the ends of contigs
Show clusters containing genes with frameshift mutation

Display column
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


<< Prev    Next >>
First Page    Last Page
Go to page   / 76  

# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster01955 COG0790 [R]hypothetical protein1173*   * * * * * * * * * * * *                                   *  
2p-cluster00313 COG1448 [E]aromatic amino acid aminotransferas1188        * *     *               * *                              
3p-cluster01655 COG1309 [K]AcrR family transcriptional regulat561        * *                     * *                              
4p-cluster01264 COG0845 [M]hemolysin D978              *     *                                            
5p-cluster39923 COG1131 [V]multidrug ABC transporter ATP-bindi2742      * * *   *     *           * *       * * *     *     * *    
6p-cluster00345 COG0842 [V]ABC transporter permease1125                                                                 
7p-cluster39923 COG1131 [V]multidrug ABC transporter ATP-bindi2742      * * *   *     *           * *       * * *     *     * *    
8p-cluster00203 COG1538 [MU]membrane protein1416        * *   * *   * * * *       *                     *        
9p-cluster00227 Uncategoriziedpatatin1365        * *     *                                                
10p-cluster00268 COG0665 [E]oxidoreductase1293        * *   *     *             *                              
11p-cluster39602 COG0665 [E]hypothetical protein243                    *                                            
12p-cluster00639 COG0834 [ET]amino acid ABC transporter substrat777        * *   *                   *                              
13p-cluster00704 COG0765 [E]cysteine ABC transporter permease720          *                                                      
14p-cluster00350 COG1131 [V]hypothetical protein1206        * *   *                   *                   *       *  
15p-cluster01064 COG3839 [G]molybdenum ABC transporter ATP-bind1059                                                                 
16p-cluster39743 COG2168 [P]hypothetical protein285                                                                 
17p-cluster01017 COG2923 [P]sulfur relay protein TusC360                *                                                
18p-cluster39792 Uncategoriziedsulfur relay protein TusD/DsrE108                *                                                
19p-cluster02797 Uncategoriziedhypothetical protein270                        *                                        
20p-cluster00081 COG1502 [I]phospholipase2199*   * * * * * * * * * * * *                                      
21p-cluster39615 Uncategoriziedhypothetical protein162                    * *                                          
22p-cluster14887 COG1502 [I]hypothetical protein378          *                                                      
23p-cluster01955 COG0790 [R]hypothetical protein1173*   * * * * * * * * * * * *                                   *  
24p-cluster39800 Uncategoriziedhypothetical protein339              *     *                                            
25p-cluster00657 COG0220 [R]tRNA (guanine-N7)-methyltransferase765        *     * *                                                
26p-cluster01031 COG3171 [S]hypothetical protein339        * *   *                   *                              
27p-cluster00403 COG1840 [P]hypothetical protein1053      * * *   *                   *             *                
28p-cluster00070 COG1178 [P]iron ABC transporter permease2055        * *   *             * * * *             *                
29p-cluster39704 COG0555 [O]molybdate ABC transporter permease423                      *                                          
30p-cluster00350 COG1131 [V]hypothetical protein1206        * *   *                   *                   *       *  
31p-cluster39809 COG3842 [E]hypothetical protein360              *                                                  
32p-cluster39740 COG0042 [J]tRNA-dihydrouridine synthase C1002                                                                 
33p-cluster00394 COG0042 [J]tRNA-dihydrouridine synthase1059        * *   *             *     *                              
34p-cluster00552 COG1076 [O]molecular chaperone DnaJ873                *                                                
35rrna-cluster00001 Uncategorizied23S ribosomal RNA3058*   * * *   * * * * * * * * * * * *       * * * *   * * * * * *  
36p-cluster01582 COG0582 [L]integrase681*     *   * * *   * * * * * *                                    
37trna-cluster00025 UncategoriziedtRNA-Met77                            * *                                  
38p-cluster00093 COG0568 [K]RNA polymerase sigma factor RpoD1869          *                       *                              
39p-cluster39791 COG0358 [L]DNA primase720                *                                                
40p-cluster00196 COG1282 [C]pyridine nucleotide transhydrogenas1422        * *     *                 *                              
41p-cluster00143 COG3288 [C]NAD(P) transhydrogenase subunit alp1533        * *   *                   *                              
42p-cluster01324 COG1489 [R]transcriptional regulator723        * *   *                   *                              
43p-cluster00315 COG0162 [J]tyrosyl-tRNA synthetase1188        * *   *                 * *                     *        
44p-cluster39635 COG0162 [J]hypothetical protein321                                *                                
45p-cluster01744 Uncategoriziedhistidine phosphatase609        *     *                                         *        
46p-cluster01480 Uncategoriziedhypothetical protein150        * *                                                      
47p-cluster00505 COG0130 [J]pseudouridine synthase918                                                                 
48p-cluster01004 COG0858 [J]ribosome-binding factor A384        * *           * * *       *                              
49p-cluster01676 Uncategoriziedhypothetical protein288                      * * *                                      
50p-cluster00032 COG0532 [J]translation initiation factor IF-22490        * *           *     *     *                              

Please send any comment/suggestion to kitticho@uw.edu
Compatible browswer

tumblr site counter

 

Gene Completeness

>=100%
=70%
<70%

: Similar sequence present
: Not present

* : Within 300 bp from ends
F : Possible frameshift
I : Island genes