aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

Keyword search
Search for
Also include clusters with significant sequence similarity
Also include clusters containing upstream and downstream genes (Must sort rows by Gene position in a genome first)

BLAST search
Sequence type

Row sorting and cell coloring options
Sort rows by Order rows in
Color cells by Display rows

Row filtering options
 Show COG of type
 Show clusters with minimum expected length of bp
Show clusters containing genes near the ends of contigs
Show clusters containing genes with frameshift mutation

Display column
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


<< Prev    Next >>
First Page    Last Page
Go to page   / 75  

# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster05093 Uncategoriziedhypothetical protein219                                                                 
2p-cluster09923 Uncategoriziedhypothetical protein105                                  *                              
3p-cluster00310 COG2182 [G]sugar ABC transporter substrate-bin1203        * *   * *                 *                   *          
4p-cluster14898 COG2182 [G]hypothetical protein324          *                                                      
5p-cluster00151 COG1175 [G]maltose transporter membrane protei1545                                                                 
6p-cluster00531 COG0395 [G]maltose transporter permease888                *     *           *                              
7p-cluster01135 COG0366 [G]alpha-amylase2049                *     *       *   *                              
8p-cluster00295 COG3839 [G]maltose/maltodextrin transporter AT1116        * *     * *               *             *       *        
9p-cluster00070 COG1178 [P]iron ABC transporter permease2055        * *                 * * * *             *                
10p-cluster00403 COG1840 [P]hypothetical protein1053      * * *                       *             *                
11p-cluster15405 COG1840 [P]hypothetical protein342        *       *                                                
12p-cluster04609 Uncategoriziedhypothetical protein168                                  *                              
13p-cluster01718 COG0610 [V]type I restriction enzyme R protein1530              * *               *                                
14p-cluster14734 COG0610 [V]type I restriction endonuclease sub297          *     *                                                
15p-cluster39815 COG0610 [V]type I restriction endonuclease sub330          *                                                      
16p-cluster02273 Uncategoriziedsignal peptide protein1773*   * * * * * * * * * * * *       *                           *  
17p-cluster02273 Uncategoriziedsignal peptide protein1773*   * * * * * * * * * * * *       *                           *  
18p-cluster01730 Uncategoriziedhypothetical protein255      *                 *                                        
19p-cluster08126 Uncategoriziedhypothetical protein150                                                                 
20p-cluster00500 COG0451 [MG]ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epi924        * *   *                   *                              
21p-cluster00343 COG3177 [S]cell division protein Fic1125                                                                 
22p-cluster01036 COG3177 [S]cell division protein Fic1125                                                                 
23p-cluster00398 COG0859 [M]ADP-heptose--LPS heptosyltransferas1056                                                                 
24p-cluster01035 COG0754 [E]glutathionylspermidine synthase1905                *                                                
25p-cluster00778 COG3005 [C]cytochrome C633                                                                 
26p-cluster00946 COG3043 [C]diacylglycerol kinase447                                                                 
27p-cluster00545 COG0348 [C]quinol dehydrogenase879                                                                 
28p-cluster04890 COG1145 [C]quinol dehydrogenase831                                                                 
29p-cluster39746 Uncategoriziedhypothetical protein135                                                                 
30p-cluster01126 COG0243 [C]nitrate reductase2484        * *                       *                              
31p-cluster01456 COG3062 [P]nitrate reductase282        * *                       *                              
32p-cluster01596 Uncategoriziedhypothetical protein162                                                                 
33p-cluster14864 Uncategoriziedhypothetical protein90                                  *                              
34p-cluster00114 COG4585 [T]ATPase1704          *     *                 *                              
35p-cluster00413 COG0812 [M]UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine1023            *               *                                    
36p-cluster01760 COG4390 [S]RNA polymerase subunit sigma-32312          *   *             *     *                              
37p-cluster00572 COG2877 [M]2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate al852        * *   *                                                  
38p-cluster00522 COG2890 [J]SAM-dependent methyltransferase1008                *                                                
39p-cluster03289 COG0216 [J]peptide chain release factor 11083          *     * *           *                                  
40p-cluster00948 COG3133 [M]membrane protein453          *                                                      
41p-cluster39557 COG3133 [M]hypothetical protein198                                                                 
42p-cluster01385 COG3102 [S]hypothetical protein585          *                       *                              
43p-cluster00116 COG0018 [J]arginyl-tRNA synthetase1731        * *                     * *                              
44p-cluster01529 COG0136 [E]aspartate-semialdehyde dehydrogenas978          *     *                                                
45p-cluster01412 COG2606 [S]hypothetical protein477                *     * * *                                      
46p-cluster00100 COG1132 [V]ABC transporter ATP-binding protein1815        * *     *                 *                              
47p-cluster15152 COG4178 [R]ABC transporter permease462          *                                                      
48p-cluster05794 COG1629 [P]ligand-gated channel protein2229      * * *   * *                 *                              
49p-cluster00004 COG0086 [K]DNA-directed RNA polymerase subunit4266          *   * *     *                   * * * *   * * * * *    
50p-cluster02385 COG2932 [K]transcriptional regulator252              *                                                  

Please send any comment/suggestion to kitticho@uw.edu
Compatible browswer

tumblr site counter

 

Gene Completeness

>=100%
=70%
<70%

: Similar sequence present
: Not present

* : Within 300 bp from ends
F : Possible frameshift
I : Island genes