aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

Keyword search
Search for
Also include clusters with significant sequence similarity
Also include clusters containing upstream and downstream genes (Must sort rows by Gene position in a genome first)

BLAST search
Sequence type

Row sorting and cell coloring options
Sort rows by Order rows in
Color cells by Display rows

Row filtering options
 Show COG of type
 Show clusters with minimum expected length of bp
Show clusters containing genes near the ends of contigs
Show clusters containing genes with frameshift mutation

Display column
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


<< Prev    Next >>
First Page    Last Page
Go to page   / 75  

# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster01352 COG1989 [NOU]peptidase A24690*   * * * * *     * * * * *                                      
2p-cluster06058 COG1459 [NU]type II secretion system protein F1236                                                                 
3p-cluster01182 COG2804 [NU]protein transporter HofB1407                *                                                
4p-cluster09322 COG4969 [NU]prepilin peptidase519        *     *                   *                              
5p-cluster00763 COG3023 [V]N-acetyl-anhydromuranmyl-L-alanine 654        *     *                   *                              
6p-cluster00929 COG2731 [G]hypothetical protein471        * *   *                                                  
7p-cluster00053 COG1185 [J]polynucleotide phosphorylase/polyad2262        * *   *   *               *                              
8p-cluster00519 COG4785 [R]lipoprotein NlpI-like protein903                                                                 
9p-cluster01145 COG0513 [LKJ]ATP-dependent DNA helicase RecQ1893        *                                             *          
10p-cluster01555 COG1004 [M]UDP-glucose 6-dehydrogenase693        * *   *                                       *          
11p-cluster00804 COG2801 [L]hypothetical protein177                                                                 
12p-cluster06047 COG3835 [KT]hypothetical protein1101          * * *                                       *          
13p-cluster01198 COG2610 [GE]gluconate:proton symporter1272        * * * *   *                                   *          
14p-cluster01223 COG1929 [G]glycerate kinase1137        *                                                        
15p-cluster03894 COG0634 [F]hypoxanthine phosphoribosyltransfer540        * *                       *                              
16p-cluster39938 COG0312 [R]protein PmbA1359        * *                                                      
17p-cluster00843 COG3028 [S]hypothetical protein546                                                                 
18p-cluster00184 COG0471 [P]permease1467        * * * * *                 *                   * *        
19p-cluster01868 Uncategoriziedhypothetical protein228        * *                                                      
20p-cluster00904 COG0684 [H]regulator of ribonuclease activity 498        * *                                                      
21p-cluster00485 COG1575 [H]1,4-dihydroxy-2-naphthoate prenyltr942        *                         *                              
22p-cluster01981 COG1720 [S]protein YaeB834      * * *                       *                              
23p-cluster02187 COG1720 [S]hypothetical protein282                                                                 
24p-cluster39874 COG0060 [J]isoleucine--tRNA ligase1494      *                                                          
25p-cluster00910 COG0597 [MU]peptidase A8504          *     *               * *                              
26p-cluster00481 COG0761 [IM]4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphos942        * *   * *   *         * * *                              
27p-cluster08339 Uncategoriziedhypothetical protein186              *                                                  
28p-cluster15362 Uncategoriziedhypothetical protein207                                                                 
29p-cluster00863 Uncategoriziedhypothetical protein153                                                                 
30p-cluster09982 COG1555 [L]competence protein ComE327        * *     *             *                         *        
31p-cluster01736 COG0127 [F]non-canonical purine NTP pyrophosph678                *                                       *        
32p-cluster01039 COG0393 [S]hypothetical protein321                *                                                
33p-cluster00225 COG0635 [H]coproporphyrinogen III oxidase1365                                                                 
34p-cluster39667 COG0635 [H]HemN family oxidoreductase684                *                                                
35p-cluster00760 COG0120 [G]ribose-5-phosphate isomerase A654                                  *                              
36p-cluster00422 COG0111 [HE]3-phosphoglycerate dehydrogenase1230        * *   * *                 *                              
37p-cluster04956 Uncategoriziedhypothetical protein135                                                                 
38p-cluster01523 COG0614 [P]peptide ABC transporter substrate-b1050        * *     *                                                
39p-cluster39511 COG0614 [P]iron chelatin ABC transporter perip669                                                                 
40p-cluster01650 COG0800 [G]2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate a639                                                                 
41p-cluster01722 COG1904 [G]glucuronate isomerase1401          *                                                      
42p-cluster01639 COG1028 [IQR]dioxygenase846        *     *                   *                              
43p-cluster39801 COG1028 [IQR]hypothetical protein213              *                                                  
44p-cluster00498 COG0524 [G]mannonate dehydratase993        * *   *                   *                              
45p-cluster00448 COG1638 [G]DctP protein1035        * *   *                   *                   *          
46p-cluster02299 COG3090 [G]C4-dicarboxylate ABC transporter pe504        * *   *                   *                              
47p-cluster39858 COG1593 [G]C4-dicarboxylate ABC transporter pe681        * *                       *                              
48p-cluster00044 COG1501 [G]alpha-glucosidase2373        * *   *     *                                            
49p-cluster00670 COG2186 [K]GntR family transcriptional regulat753        * *   *     *             *                              
50p-cluster01217 COG1312 [G]mannonate dehydratase1182        * *                       *                              

Please send any comment/suggestion to kitticho@uw.edu
Compatible browswer

tumblr site counter

 

Gene Completeness

>=100%
=70%
<70%

: Similar sequence present
: Not present

* : Within 300 bp from ends
F : Possible frameshift
I : Island genes