aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

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1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


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# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster01792 Uncategoriziedhypothetical protein2232        * *   * * * *                                            
2p-cluster02273 Uncategoriziedsignal peptide protein1773*   * * * * * * * * * * * *       *                           *  
3p-cluster00395 COG0252 [EJ]asparaginase1047                                                              *  
4p-cluster00337 COG0820 [R]ribosomal RNA large subunit methylt1152                                                                 
5p-cluster01397 COG3063 [NU]hypothetical protein552                                                                 
6p-cluster05374 COG1426 [S]hypothetical protein1068          *                                                      
7p-cluster00356 COG0821 [I]4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl dip1101          *       *                                              
8p-cluster01197 COG0124 [J]histidinol dehydrogenase1275          *                       *                              
9p-cluster00805 COG2976 [S]hypothetical protein615          *     *     *           *                              
10p-cluster00913 COG2020 [O]isoprenylcysteine carboxyl methyltr450                *     *                                          
11p-cluster07499 COG0593 [L]DNA replication initiation factor702                *     *                                          
12p-cluster00278 COG2233 [F]uracil permease1275                                                                 
13p-cluster00789 COG0035 [F]uracil phosphoribosyltransferase624          *                                                      
14p-cluster01142 COG0760 [O]peptidylprolyl isomerase1845          *     *                 *                              
15p-cluster00038 COG0466 [O]DNA-binding protein2415          *     *               * *                              
16trna-cluster00042 UncategoriziedtRNA-Ser90                                                                 
17p-cluster00110 COG0659 [P]transporter1752        * *   * *                 *                              
18p-cluster01650 COG0800 [G]2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate a639                                                                 
19p-cluster00772 COG0605 [P]superoxide dismutase645          *   * *                 *                              
20p-cluster01131 COG0280 [C]malic enzyme2271        * *   *     *             *                              
21p-cluster00450 COG1187 [J]ribosomal large subunit pseudouridi984*   * * * * * * * * * * * *       *                     *        
22p-cluster01800 COG0477 [GEPR]major facilitator transporter1230        * *     *                                                
23p-cluster00295 COG3839 [G]maltose/maltodextrin transporter AT1116        * *   * * *               *