aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

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1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


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# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster15391 Uncategoriziedglycoside hydrolase family 192418                  * * * * *                                   *  
2p-cluster02554 Uncategoriziedtype IV secretion protein Rhs909*   * *       * * * * * * *                                      
3p-cluster39643 Uncategoriziedtype IV secretion protein Rhs546          * *         * * *                                      
4p-cluster39423 Uncategoriziedtype VI secretion protein VgrG153                                                              *  
5p-cluster02541 Uncategoriziedhypothetical protein789    *                                                         *  
6p-cluster03167 Uncategoriziedhypothetical protein672                  *                                              
7p-cluster03167 Uncategoriziedhypothetical protein672                  *                                              
8p-cluster02006 Uncategoriziedhypothetical protein642                                                                 
9p-cluster02614 Uncategoriziedhypothetical protein747                                                              *  
10p-cluster02156 COG3209 [M]type IV secretion protein Rhs5988                      *   *       *                           *  
11p-cluster14865 Uncategoriziedhypothetical protein195                                *                                
12p-cluster04157 Uncategoriziedhypothetical protein282                                                                 
13p-cluster02014 Uncategoriziedhypothetical protein192                                                                 
14p-cluster02563 COG3159 [S]hypothetical protein669                                                                 
15p-cluster00266 COG0104 [F]adenylosuccinate synthetase1296                                                                 
16p-cluster03261 COG0500 [QR]hypothetical protein963                                                                 
17p-cluster00160 COG0591 [ER]proline:sodium symporter PutP1518          *     *           *                         * *        
18p-cluster39777 COG0591 [ER]hypothetical protein456                *                                                
19p-cluster14486 COG1530 [J]ribonuclease G1473          *                 *                         *          
20p-cluster09276 COG2999 [O]glutaredoxin645                  *                                              
21p-cluster00718 COG0846 [K]NAD-dependent deacetylase696          *       * * * * *                                      
22p-cluster01045 Uncategoriziedhypothetical protein1188                                                                 
23p-cluster01991 COG0725 [P]hypothetical protein744        * *   *             *                                    
24p-cluster39564 COG0555 [O]ABC transporter795                                                                 
25p-cluster01064 COG3839 [G]molybdenum ABC transporter ATP-bind1059                                                                 
26p-cluster00566 COG0157 [H]pyrophosphorylase ModD858        * * * *     * *         * *                              
27p-cluster00153 COG0312 [R]protease TldD1491        * * * *     *             *                              
28p-cluster01487 COG2373 [R]alpha-2-macroglobulin5769        * *   * *                 *                   *          
29p-cluster39918 COG0744 [M]penicillin-binding protein 1C2379*   * * * * * * *   * * * *     * *