aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

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1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


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# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster00590 COG0796 [M]glutamate racemase834*   * * * * * * * * * * * * * * * * *     * * * *   * * * * * *  
2p-cluster01565 COG3161 [H]chorismate--pyruvate lyase501                                                                 
3p-cluster00067 COG1197 [LK]ATP-dependent DNA helicase RecG2079                                                    *            
4p-cluster00054 COG0317 [TK](p)ppGpp synthetase2229      * * *                       *                              
5p-cluster39828 COG0317 [TK]hypothetical protein621        * *                                                      
6p-cluster01079 COG1758 [K]DNA-directed RNA polymerase subunit264                                  *                              
7p-cluster01827 COG0194 [F]guanylate kinase636        *                                                        
8p-cluster00427 COG0057 [G]glyceraldehyde-3-phosphate dehydrog1002                                                                 
9p-cluster00981 COG2510 [S]membrane protein414        *                                                        
10p-cluster03780 COG2867 [I]hypothetical protein429        *                         *                     *        
11p-cluster01062 COG2914 [S]hypothetical protein291          *   *                                         *        
12p-cluster01213 COG2850 [S]ribosomal oxygenase HI_03961212          *   *                   *                     *        
13p-cluster00243 COG1570 [L]exodeoxyribonuclease VII large subu1338                                                                 
14p-cluster07588 COG1660 [R]glmZ(sRNA)-inactivating NTPase864                                                                 
15p-cluster00875 COG1762 [GT]PTS sugar transporter subunit IIA531                                                                 
16p-cluster01663 COG1121 [P]molybdenum ABC transporter ATP-bind1449                                                                 
17p-cluster00891 COG1934 [S]ABC transporter substrate-binding p519                                                                 
18p-cluster00838 COG3117 [S]sugar transporter582                                  *                              
19p-cluster03026 Uncategoriziedhypothetical protein114                                                                 
20p-cluster00295 COG3839 [G]maltose/maltodextrin transporter AT1116        * *   * * *               *             *       *        
21p-cluster00633 COG0767 [Q]ABC transporter permease783                                                                 
22p-cluster00897 COG1463 [Q]toluene ABC transporter substrate-b507                                                                 
23p-cluster00774 COG2854 [Q]hypothetical protein639                                                                 
24p-cluster02345 COG3113 [R]NTP binding protein, contains STAS 357