aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

Keyword search
Search for
Also include clusters with significant sequence similarity
Also include clusters containing upstream and downstream genes (Must sort rows by Gene position in a genome first)

BLAST search
Sequence type

Row sorting and cell coloring options
Sort rows by Order rows in
Color cells by Display rows

Row filtering options
 Show COG of type
 Show clusters with minimum expected length of bp
Show clusters containing genes near the ends of contigs
Show clusters containing genes with frameshift mutation

Display column
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


<< Prev    Next >>
First Page    Last Page
Go to page   / 72  

# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster14931 COG0050 [J]elongation factor Tu90            *         *     *   *                     * *        
2p-cluster00066 COG0480 [J]elongation factor G2100*   * * * * * * * * * * * * * * * *       * * * *   * * * * * *  
3p-cluster02682 COG0049 [J]30S ribosomal protein S7468      *   *                       *                              
4p-cluster02120 COG0048 [J]30S ribosomal protein S12429          *                       *             *                
5p-cluster02246 COG0059 [EH]ketol-acid reductoisomerase375        * *   *                                                  
6p-cluster08924 Uncategoriziedhypothetical protein255          *   *                                                  
7p-cluster02709 COG2962 [R]transporter903*       *                                                        
8p-cluster39756 COG0583 [K]LysR family transcriptional regulat156                                                                 
9p-cluster02709 COG2962 [R]transporter903*       *                                                        
10p-cluster00614 COG0169 [E]shikimate dehydrogenase813                *           *   *                                
11p-cluster00865 COG0551 [L]DNA topoisomerase I570                                *                                
12p-cluster00865 COG0551 [L]DNA topoisomerase I570                                *                                
13p-cluster00111 COG1322 [S]recombinase RmuC1614        *     * *               * *                              
14p-cluster01656 COG2862 [S]membrane protein669        *     *                   *                              
15p-cluster00901 COG0607 [P]hypothetical protein489        * *   *                   *                              
16p-cluster03998 Uncategoriziedhypothetical protein363                                                                 
17p-cluster00553 COG0705 [R]GlpG protein873                *                                                
18p-cluster00619 COG1349 [KG]glucitol operon repressor795        * *   * * *             * *                 * *          
19p-cluster39650 COG1349 [KG]transcriptional regulator591                            *     *                   *          
20p-cluster00561 COG1629 [P]TonB-dependent receptor2772        * *   * *                 *                   *          
21p-cluster00561 COG1629 [P]TonB-dependent receptor2772        * *   * *                 *                   *          
22p-cluster14854 COG1629 [P]hypothetical protein288        *                                                        
23p-cluster00100 COG1132 [V]ABC transporter ATP-binding protein1815        * *     *                 *                              
24p-cluster01158 COG2985 [R]transporter1656        * *                       *                              
25p-cluster04835 Uncategoriziedhypothetical protein117                                                                 
26p-cluster03650 COG0528 [F]uridylate kinase711          *                 *     *                              
27p-cluster00441 Uncategoriziedhypothetical protein153          * *   *                                                
28p-cluster00859 COG0233 [J]ribosome-recycling factor555          * *               *     *                              
29p-cluster39814 COG0233 [J]hypothetical protein123            *                                                    
30p-cluster00271 COG0743 [I]1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate redu1281          * *   *         *     *                                
31p-cluster03598 COG0020 [I]UDP pyrophosphate synthase717          *           *                                          
32p-cluster39645 COG0020 [I]di-trans,poly-cis-decaprenylcistran156                      *                                          
33p-cluster00558 COG0575 [I]phosphatidate cytidylyltransferase867                      *                                          
34p-cluster00242 COG0750 [M]zinc metallopeptidase RseP1332          *                                                      
35p-cluster01128 COG4775 [M]outer membrane protein assembly com2409          *                 *     *                              
36p-cluster00844 COG2825 [M]Omp1-like protein576                            *     *                              
37p-cluster00415 COG1044 [M]UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl) glucos1020        * *     *                                                
38p-cluster00952 COG0764 [I]3-hydroxyacyl-ACP dehydratase474        * *                                                      
39p-cluster00415 COG1044 [M]UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl) glucos1020        * *     *                                                
40p-cluster05012 Uncategoriziedhypothetical protein126                                                                 
41p-cluster00317 COG0763 [M]lipid-A-disaccharide synthase1182                                                                 
42p-cluster00821 COG0164 [L]ribonuclease HII597                                                                 
43p-cluster01502 COG0471 [P]citrate transporter1866                                                                 
44p-cluster01378 COG0558 [I]CDP-alcohol phosphatidyltransferase606                *               *                                
45p-cluster01553 COG0204 [I]acyltransferase630                *               *                                
46p-cluster02081 COG0204 [I]acyltransferase219                                                                 
47p-cluster01276 COG0575 [I]phosphatidate cytidylyltransferase927                *                                                
48p-cluster00840 COG0521 [H]molybdenum cofactor biosynthesis pr579        * *   *       * * *       *                   *       *  
49p-cluster39765 COG0521 [H]hypothetical protein171                *                                                
50p-cluster01651 COG3676 [L]transposase312        *   * * *   * * * *                 * * *   * * * * *    

Please send any comment/suggestion to kitticho@uw.edu
Compatible browswer

tumblr site counter

 

Gene Completeness

>=100%
=70%
<70%

: Similar sequence present
: Not present

* : Within 300 bp from ends
F : Possible frameshift
I : Island genes