aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

Keyword search
Search for
Also include clusters with significant sequence similarity
Also include clusters containing upstream and downstream genes (Must sort rows by Gene position in a genome first)

BLAST search
Sequence type

Row sorting and cell coloring options
Sort rows by Order rows in
Color cells by Display rows

Row filtering options
 Show COG of type
 Show clusters with minimum expected length of bp
Show clusters containing genes near the ends of contigs
Show clusters containing genes with frameshift mutation

Display column
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


<< Prev    Next >>
First Page    Last Page
Go to page   / 72  

# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster00613 COG0483 [G]3-5-bisphosphate nucleotidase810          *   * *           *     *                   *          
2p-cluster05949 Uncategoriziedhypothetical protein2205        * *   *                   *                              
3p-cluster00295 COG3839 [G]maltose/maltodextrin transporter AT1116        * *   * * *               *             *       *        
4p-cluster00070 COG1178 [P]iron ABC transporter permease2055        * *   *             * * * *             *                
5p-cluster14823 COG1178 [P]iron ABC transporter permease333          *                                                      
6p-cluster00403 COG1840 [P]hypothetical protein1053      * * *   *                   *             *                
7p-cluster39629 COG1840 [P]hypothetical protein462                *                 *                              
8p-cluster00403 COG1840 [P]hypothetical protein1053      * * *   *                   *             *                
9p-cluster01370 COG0572 [F]uridine kinase813        * *   * *                 *                              
10p-cluster00836 COG0717 [F]deoxycytidine triphosphate deaminas582                                                                 
11p-cluster00306 Uncategoriziedhypothetical protein1200          *     *                                                
12p-cluster03276 COG2814 [G]MFS transporter1194        * *   *                                                  
13p-cluster14746 COG2814 [G]hypothetical protein198                *                                                
14p-cluster00154 COG1160 [R]GTP-binding protein EngA1539          *   * *           *     *                              
15p-cluster14776 COG1160 [R]hypothetical protein339                            *                                    
16p-cluster00344 COG0484 [O]molecular chaperone DnaJ1137*     *   *     *                 *                              
17p-cluster05942 UncategoriziedMerR family transcriptional regulat288          *                                                      
18p-cluster00266 COG0104 [F]adenylosuccinate synthetase1296                                                                 
19p-cluster03261 COG0500 [QR]hypothetical protein963                                                                 
20p-cluster00160 COG0591 [ER]proline:sodium symporter PutP1518          *     *           *                         * *        
21p-cluster39777 COG0591 [ER]hypothetical protein456                *                                                
22p-cluster00123 COG0008 [J]glutaminyl-tRNA synthetase1689    *   * *   * *     *           *                   * *        
23p-cluster02488 COG2983 [S]hypothetical protein447            * *   * * * * *       *                              
24p-cluster00850 COG1640 [G]4-alpha-glucanotransferase621        * *   *                   *                              
25p-cluster00055 COG0296 [G]glycogen branching protein2193                                                                 
26p-cluster00055 COG0296 [G]glycogen branching protein2193                                                                 
27p-cluster00253 COG0448 [G]glucose-1-phosphate adenylyltransfe1308*         *                                                      
28p-cluster01175 COG0297 [G]glycogen synthase1437*       * *   * *                 *                              
29p-cluster39272 COG0297 [G]starch synthase297                *                                                
30p-cluster00034 COG0058 [G]maltodextrin phosphorylase2463        * *   *                   *                 *            
31p-cluster02880 COG0058 [G]hypothetical protein1074                *                                   *            
32p-cluster00815 COG0586 [S]alpha-amylase603        * *   *                   *                              
33p-cluster01067 COG1825 [J]50S ribosomal protein L25291              *                 * *                              
34p-cluster00757 Uncategoriziedhypothetical protein606        *       *               * *                              
35p-cluster00314 COG1686 [M]D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase1188        * *                       *                              
36p-cluster00247 COG3006 [D]condesin subunit F1326        * *   *       *           *                              
37p-cluster01780 Uncategoriziedhypothetical protein135              *       *                                          
38p-cluster01119 COG0318 [IQ]2-acyl-glycerophospho-ethanolamine 3459        * *   * *     *           *                              
39p-cluster01119 COG0318 [IQ]2-acyl-glycerophospho-ethanolamine 3459        * *   * *     *           *                              
40p-cluster01336 COG3095 [D]condesin subunit E744                *                                                
41p-cluster01488 COG3096 [D]cell division protein MukB4491                *     *                                 *        
42p-cluster00476 Uncategoriziedmembrane protein951        * *   * * *               *                              
43p-cluster14729 Uncategoriziedmultidrug transporter252                *                                                
44p-cluster01511 COG2925 [L]exonuclease I1425        * *   * *                 *       * * * *   * * * * *    
45p-cluster01960 Uncategoriziedhypothetical protein1098                    *                                 *          
46p-cluster01813 COG2357 [S](p)ppGpp synthetase996                    *                                            
47p-cluster01787 COG0210 [L]helicase IV2892                                                                 
48p-cluster01950 COG0790 [R]hypothetical protein1734                                                                 
49p-cluster02643 Uncategoriziedhypothetical protein783                                                                 
50p-cluster02069 COG1396 [K]DNA-binding protein228                                                                 

Please send any comment/suggestion to kitticho@uw.edu
Compatible browswer

tumblr site counter

 

Gene Completeness

>=100%
=70%
<70%

: Similar sequence present
: Not present

* : Within 300 bp from ends
F : Possible frameshift
I : Island genes