aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

Keyword search
Search for
Also include clusters with significant sequence similarity
Also include clusters containing upstream and downstream genes (Must sort rows by Gene position in a genome first)

BLAST search
Sequence type

Row sorting and cell coloring options
Sort rows by Order rows in
Color cells by Display rows

Row filtering options
 Show COG of type
 Show clusters with minimum expected length of bp
Show clusters containing genes near the ends of contigs
Show clusters containing genes with frameshift mutation

Display column
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


<< Prev    Next >>
First Page    Last Page
Go to page   / 72  

# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster00924 COG0757 [E]3-dehydroquinate dehydratase474        *   *                                       *            
2p-cluster05408 COG0511 [I]acetyl-CoA carboxylase471        * * *   *                                                
3p-cluster00238 COG0439 [I]acetyl-CoA carboxylase1344        * *   * *               * *                              
4p-cluster04412 Uncategoriziedhypothetical protein132                                                      *          
5p-cluster01645 Uncategoriziedhypothetical protein762              *                 *                     *          
6p-cluster00189 Uncategoriziedhypothetical protein1440        *       *                 *                              
7p-cluster00189 Uncategoriziedhypothetical protein1440        *       *                 *                              
8p-cluster00160 COG0591 [ER]proline:sodium symporter PutP1518          *     *           *                         * *        
9p-cluster00831 COG2184 [D]cell division protein Fic558        * *     *                                                
10p-cluster00544 COG2264 [J]ribosomal protein L11 methyltransfe882        * *     *                 *                              
11p-cluster00394 COG0042 [J]tRNA-dihydrouridine synthase1059        * *   * *           *     *                              
12p-cluster01049 COG2901 [KL]Fis family transcriptional regulato297        *                         *                              
13p-cluster00861 Uncategoriziedhypothetical protein561                                                                 
14p-cluster01442 COG1544 [J]ribosome-associated inhibitor A321        *     *                                                  
15p-cluster00204 COG1115 [E]sodium:alanine symporter1371          *   *                   *                              
16p-cluster02127 Uncategoriziedhypothetical protein126                                                                 
17p-cluster13669 COG2388 [R]acetyltransferase285                                                                 
18p-cluster00793 COG0237 [H]dephospho-CoA kinase621          *                                                      
19p-cluster00793 COG0237 [H]dephospho-CoA kinase621          *                                                      
20p-cluster01352 COG1989 [NOU]peptidase A24690*   * * * * *     * * * * *                                      
21p-cluster06058 COG1459 [NU]type II secretion system protein F1236                                                                 
22p-cluster01182 COG2804 [NU]protein transporter HofB1407                *                                                
23p-cluster09322 COG4969 [NU]prepilin peptidase519        *     *                   *                              
24p-cluster00763 COG3023 [V]N-acetyl-anhydromuranmyl-L-alanine 654        *     *                   *                              
25p-cluster00929 COG2731 [G]hypothetical protein471        * *   *                                                  
26p-cluster00053 COG1185 [J]polynucleotide phosphorylase/polyad2262        * *   *   *               *                              
27p-cluster00519 COG4785 [R]lipoprotein NlpI-like protein903                                                                 
28p-cluster01145 COG0513 [LKJ]ATP-dependent DNA helicase RecQ1893        *                                             *          
29p-cluster01555 COG1004 [M]UDP-glucose 6-dehydrogenase693        * *   *                                       *          
30p-cluster00804 COG2801 [L]hypothetical protein177                                                                 
31p-cluster06047 COG3835 [KT]hypothetical protein1101          * * *                                       *          
32p-cluster01198 COG2610 [GE]gluconate:proton symporter1272        * * * *   *                                   *          
33p-cluster01223 COG1929 [G]glycerate kinase1137        *                                                        
34p-cluster03894 COG0634 [F]hypoxanthine phosphoribosyltransfer540        * *                       *                              
35p-cluster00153 COG0312 [R]protease TldD1491        * * * *     *             *                              
36p-cluster39938 COG0312 [R]protein PmbA1359        * *                                                      
37p-cluster00843 COG3028 [S]hypothetical protein546                                                                 
38p-cluster01868 Uncategoriziedhypothetical protein228        * *                                                      
39p-cluster00904 COG0684 [H]regulator of ribonuclease activity 498        * *                                                      
40p-cluster00485 COG1575 [H]1,4-dihydroxy-2-naphthoate prenyltr942        *                         *                              
41p-cluster01981 COG1720 [S]protein YaeB834      * * *                       *                              
42p-cluster02187 COG1720 [S]hypothetical protein282                                                                 
43p-cluster02082 COG0610 [V]hypothetical protein219                                                                 
44p-cluster01314 COG0286 [V]putative type I restriction enzyme 1674                                  *                   *          
45p-cluster02366 COG0286 [V]hypothetical protein429                                                                 
46p-cluster01757 COG0789 [K]SoxR protein468*   * * * * * * * * *       *     *       * * * *                
47p-cluster39927 COG0789 [K]MerR family transcriptional regulat219                    *                                            
48p-cluster15389 COG0789 [K]hypothetical protein159                                                      *          
49p-cluster00058 COG2217 [P]metal ABC transporter ATPase2157        * *   *                                                  
50p-cluster39651 COG2608 [P]copper-binding protein210                                                      *          

Please send any comment/suggestion to kitticho@uw.edu
Compatible browswer

tumblr site counter

 

Gene Completeness

>=100%
=70%
<70%

: Similar sequence present
: Not present

* : Within 300 bp from ends
F : Possible frameshift
I : Island genes