aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

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1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


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# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster00924 COG0757 [E]3-dehydroquinate dehydratase474        *   *                                       *            
2p-cluster05408 COG0511 [I]acetyl-CoA carboxylase471        * * *   *                                                
3p-cluster00238 COG0439 [I]acetyl-CoA carboxylase1344        * *   * *               * *                              
4p-cluster04412 Uncategoriziedhypothetical protein132                                                      *          
5p-cluster01645 Uncategoriziedhypothetical protein762              *                 *                     *          
6p-cluster00189 Uncategoriziedhypothetical protein1440        *       *                 *                              
7p-cluster00189 Uncategoriziedhypothetical protein1440        *       *                 *                              
8p-cluster00160 COG0591 [ER]proline:sodium symporter PutP1518          *     *           *                         * *        
9p-cluster00831 COG2184 [D]cell division protein Fic558        * *     *                                                
10p-cluster00544 COG2264 [J]ribosomal protein L11 methyltransfe882        * *     *                 *                              
11p-cluster00394 COG0042 [J]tRNA-dihydrouridine synthase1059        * *   * *           *     *                              
12p-cluster01049 COG2901 [KL]Fis family transcriptional regulato297        *                         *                              
13p-cluster00861 Uncategoriziedhypothetical protein561                                                                 
14p-cluster01442 COG1544 [J]ribosome-associated inhibitor A321        *     *                                                  
15p-cluster00204 COG1115 [E]sodium:alanine symporter1371          *   *                   *                              
16p-cluster02127 Uncategoriziedhypothetical protein126                                                                 
17p-cluster13669 COG2388 [R]acetyltransferase285                                                                 
18p-cluster00793 COG0237 [H]dephospho-CoA kinase621          *                                                      
19p-cluster00793 COG0237 [H]dephospho-CoA kinase621          *                                                      
20p-cluster01352 COG1989 [NOU]peptidase A24690*   * * * * *     * * * * *                                      
21p-cluster06058 COG1459 [NU]type II secretion system protein F1236                                                                 
22p-cluster01182 COG2804 [NU]protein transporter HofB1407                *                                                
23p-cluster09322 COG4969 [NU]prepilin peptidase519        *     *                   *                              
24p-cluster00763 COG3023 [V]N-acetyl-anhydromuranmyl-L-alanine 654        *     *                   *                              
25p-cluster00929 COG2731 [G]hypothetical protein471        * *   *                                                  
26p-cluster00053 COG1185 [J]polynucleotide phosphorylase/polyad2262        * *   *   *