aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

Keyword search
Search for
Also include clusters with significant sequence similarity
Also include clusters containing upstream and downstream genes (Must sort rows by Gene position in a genome first)

BLAST search
Sequence type

Row sorting and cell coloring options
Sort rows by Order rows in
Color cells by Display rows

Row filtering options
 Show COG of type
 Show clusters with minimum expected length of bp
Show clusters containing genes near the ends of contigs
Show clusters containing genes with frameshift mutation

Display column
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


<< Prev    Next >>
First Page    Last Page
Go to page   / 72  

# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster02393 Uncategoriziedhypothetical protein228                                                                 
2p-cluster02238 COG2842 [R]DNA transposition protein918                                                                 
3p-cluster01682 COG2842 [R]Mu phage DNA transposition protein 345                                                                 
4p-cluster02169 COG2801 [L]DDE endonuclease2016                                                                 
5p-cluster01561 COG2801 [L]transposase843                                                                 
6p-cluster02387 COG3423 [K]DNA-binding protein276                                  *                              
7p-cluster03374 COG2932 [K]transcriptional regulator696*                                   *                         *  
8p-cluster01221 COG0156 [H]8-amino-7-oxononanoate synthase1173        * *                                                      
9p-cluster00270 COG0161 [H]adenosylmethionine-8-amino-7-oxonon1287        * *                                                      
10p-cluster00559 COG0688 [I]phosphatidylserine decarboxylase867          *                                                      
11p-cluster00699 COG0545 [O]peptidylprolyl isomerase726                                  *                              
12p-cluster02158 COG0263 [E]gamma-glutamyl kinase1104                                                                 
13p-cluster02158 COG0263 [E]gamma-glutamyl kinase1104                                                                 
14p-cluster00634 COG2966 [S]hypothetical protein783              * *                                                
15p-cluster00941 COG3610 [S]membrane protein462          *                                                      
16p-cluster00400 COG0262 [H]dihydrofolate reductase483        *     *     *                                            
17p-cluster00255 COG1253 [R]membrane protein1314        * *   *   * * * * * *   * *                              
18p-cluster39855 Uncategoriziedhypothetical protein75        *                                                        
19p-cluster00884 Uncategoriziedhypothetical protein522        * *                                                      
20p-cluster00637 COG0084 [L]deoxyribonuclease789          *   *                   *                              
21p-cluster06082 COG2812 [L]DNA polymerase III subunit delta1068                                                                 
22p-cluster00781 COG0125 [F]thymidylate kinase630                                                                 
23p-cluster07026 COG1559 [R]aminodeoxychorismate lyase1044          *   *                                       *          
24p-cluster06086 COG0347 [E]nitrogen regulatory protein P-II348          *   *                   *                   *          
25p-cluster00619 COG1349 [KG]glucitol operon repressor795        * *   * * *             * *                 * * *        
26p-cluster11049 COG2084 [I]4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphos948        * *   *                   *                   *          
27p-cluster00288 COG3395 [S]membrane protein1245                *                                                
28p-cluster14744 COG3395 [S]hypothetical protein294                *                                                
29p-cluster00782 COG0235 [G]aldolase630        *       *                                                
30p-cluster00644 COG3622 [G]hypothetical protein774        *                                                        
31p-cluster01185 COG2610 [GE]GntT protein1353        * *   *                   *                              
32p-cluster01514 COG4099 [R]phospholipase1338              * *                                                
33p-cluster01349 COG1878 [R]cyclase690          *     *                                                
34p-cluster01504 COG1073 [R]hypothetical protein1794          *     *                 *                              
35p-cluster00321 COG0561 [R]hydrolase1173        * *                   *   *                              
36p-cluster00028 COG0249 [L]DNA mismatch repair protein MutS2598      * * *   * *                 *                              
37p-cluster00002 Uncategoriziedsignal peptide protein387              *                                                  
38p-cluster01945 Uncategoriziedhypothetical protein1386*   *   * * *   *     * * *                                   *  
39p-cluster01081 Uncategoriziedhypothetical protein288                                                                 
40p-cluster00665 COG0500 [QR]DNA polymerase I756        *                                                        
41p-cluster00359 COG2265 [J]tRNA (uracil-5-)-methyltransferase1095                                                                 
42p-cluster08897 COG3085 [S]hypothetical protein327                                                                 
43p-cluster00801 COG0526 [OC]thiol:disulfide interchange protein615        * *   *                   *                              
44p-cluster01063 COG3084 [S]hypothetical protein264        * *   *                                                  
45p-cluster00832 COG0746 [H]molybdenum cofactor guanylyltransfe582          *                       *                              
46p-cluster00477 Uncategoriziedhypothetical protein537                                                                 
47p-cluster00158 COG1925 [G]bifunctional PTS system fructose-sp1536                                                                 
48p-cluster00487 COG1105 [G]1-phosphofructokinase939                                                                 
49p-cluster00122 COG1299 [G]PTS system fructose-specific transp1662                                                                 
50p-cluster06256 Uncategoriziedrecombinase RecA237                                                                 

Please send any comment/suggestion to kitticho@uw.edu
Compatible browswer

tumblr site counter

 

Gene Completeness

>=100%
=70%
<70%

: Similar sequence present
: Not present

* : Within 300 bp from ends
F : Possible frameshift
I : Island genes