aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

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1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


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# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster02393 Uncategoriziedhypothetical protein228                                                                 
2p-cluster02238 COG2842 [R]DNA transposition protein918                                                                 
3p-cluster01682 COG2842 [R]Mu phage DNA transposition protein 345                                                                 
4p-cluster02169 COG2801 [L]DDE endonuclease2016                                                                 
5p-cluster01561 COG2801 [L]transposase843                                                                 
6p-cluster02387 COG3423 [K]DNA-binding protein276                                  *                              
7p-cluster03374 COG2932 [K]transcriptional regulator696*                                   *                         *  
8p-cluster01221 COG0156 [H]8-amino-7-oxononanoate synthase1173        * *                                                      
9p-cluster00270 COG0161 [H]adenosylmethionine-8-amino-7-oxonon1287        * *                                                      
10p-cluster00559 COG0688 [I]phosphatidylserine decarboxylase867          *                                                      
11p-cluster00699 COG0545 [O]peptidylprolyl isomerase726                                  *                              
12p-cluster02158 COG0263 [E]gamma-glutamyl kinase1104                                                                 
13p-cluster02158 COG0263 [E]gamma-glutamyl kinase1104                                                                 
14p-cluster00634 COG2966 [S]hypothetical protein783              * *                                                
15p-cluster00941 COG3610 [S]membrane protein462          *                                                      
16p-cluster00400 COG0262 [H]dihydrofolate reductase483        *     *     *                                            
17p-cluster00255 COG1253 [R]membrane protein1314        * *   *   * * * * * *   * *                              
18p-cluster39855 Uncategoriziedhypothetical protein75        *                                                        
19p-cluster00884 Uncategoriziedhypothetical protein522        * *                                                      
20p-cluster00637 COG0084 [L]deoxyribonuclease789          *   *                   *                              
21p-cluster06082 COG2812 [L]DNA polymerase III subunit delta1068                                                                 
22p-cluster00781 COG0125 [F]thymidylate kinase630                                                                 
23p-cluster07026 COG1559 [R]aminodeoxychorismate lyase1044          *   *                                       *          
24p-cluster06086 COG0347 [E]nitrogen regulatory protein P-II348          *   *                   *                   *          
25p-cluster00619 COG1349 [KG]glucitol operon repressor795        * *   * * *             * *