aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

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1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


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# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster01757 COG0789 [K]SoxR protein468*   * * * * * * * * *       *     *       * * * *                
2p-cluster04221 COG4701 [S]hypothetical protein309          *                                                      
3p-cluster09165 Uncategoriziedhypothetical protein315              *                                                  
4p-cluster00018 COG0653 [U]preprotein translocase subunit SecA2700          *   * *                                                
5p-cluster00992 COG0494 [LR]8-oxo-dGTP diphosphatase402        * *   *     *             *                              
6p-cluster00405 COG1466 [L]DNA polymerase III subunit delta1032        * *   * *   *             *                              
7p-cluster01409 COG2980 [M]hypothetical protein501                                                                 
8p-cluster01700 Uncategoriziedhypothetical protein126                                                                 
9p-cluster00030 COG0495 [J]leucine--tRNA ligase2586                                  *                              
10p-cluster14820 COG0495 [J]leucyl-tRNA synthetase465                                  *                              
11p-cluster02423 Uncategoriziedhypothetical protein168                                                                 
12p-cluster01747 Uncategorizieddiadenosine tetraphosphatase639                                  *                              
13p-cluster00977 COG1708 [R]nucleotidyltransferase693                                  *                              
14p-cluster00977 COG1708 [R]nucleotidyltransferase693                                  *                              
15p-cluster00591 COG0639 [T]diadenosine tetraphosphatase825                                                                 
16p-cluster00562 COG0030 [J]ribosomal RNA small subunit methylt861          *                                                      
17p-cluster00496 COG0760 [O]peptidyl-prolyl cis-trans isomerase930        * *                       *                              
18p-cluster01403 COG2065 [F]uracil phosphoribosyltransferase534        *                         *                              
19p-cluster00986 COG2847 [S]molecular chaperone408          *                       *                              
20p-cluster00809 COG2915 [R]lysogenization regulator609                            *                                    
21p-cluster00224 COG0015 [F]adenylosuccinate lyase1365                            *     *                              
22p-cluster04222 Uncategoriziedhypothetical protein111                                                                 
23p-cluster00658 COG1028 [IQR]oxidoreductase765        * *     * * * * * *       *                     *        
24p-cluster39939 COG0789 [K]MerR family transcriptional regulat405                                                                 
25p-cluster01220 COG1063 [ER]S-(hydroxymethyl)glutathione dehydr1122                                  *                              
26p-cluster07458 COG0627 [R]S-formylglutathione hydrolase828          *