aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

Keyword search
Search for
Also include clusters with significant sequence similarity
Also include clusters containing upstream and downstream genes (Must sort rows by Gene position in a genome first)

BLAST search
Sequence type

Row sorting and cell coloring options
Sort rows by Order rows in
Color cells by Display rows

Row filtering options
 Show COG of type
 Show clusters with minimum expected length of bp
Show clusters containing genes near the ends of contigs
Show clusters containing genes with frameshift mutation

Display column
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


<< Prev    Next >>
First Page    Last Page
Go to page   / 72  

# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster01757 COG0789 [K]SoxR protein468*   * * * * * * * * *       *     *       * * * *                
2p-cluster04221 COG4701 [S]hypothetical protein309          *                                                      
3p-cluster09165 Uncategoriziedhypothetical protein315              *                                                  
4p-cluster00018 COG0653 [U]preprotein translocase subunit SecA2700          *   * *                                                
5p-cluster00992 COG0494 [LR]8-oxo-dGTP diphosphatase402        * *   *     *             *                              
6p-cluster00405 COG1466 [L]DNA polymerase III subunit delta1032        * *   * *   *             *                              
7p-cluster01409 COG2980 [M]hypothetical protein501                                                                 
8p-cluster01700 Uncategoriziedhypothetical protein126                                                                 
9p-cluster00030 COG0495 [J]leucine--tRNA ligase2586                                  *                              
10p-cluster14820 COG0495 [J]leucyl-tRNA synthetase465                                  *                              
11p-cluster02423 Uncategoriziedhypothetical protein168                                                                 
12p-cluster01747 Uncategorizieddiadenosine tetraphosphatase639                                  *                              
13p-cluster00977 COG1708 [R]nucleotidyltransferase693                                  *                              
14p-cluster00977 COG1708 [R]nucleotidyltransferase693                                  *                              
15p-cluster00591 COG0639 [T]diadenosine tetraphosphatase825                                                                 
16p-cluster00562 COG0030 [J]ribosomal RNA small subunit methylt861          *                                                      
17p-cluster00496 COG0760 [O]peptidyl-prolyl cis-trans isomerase930        * *                       *                              
18p-cluster01403 COG2065 [F]uracil phosphoribosyltransferase534        *                         *                              
19p-cluster00986 COG2847 [S]molecular chaperone408          *                       *                              
20p-cluster00809 COG2915 [R]lysogenization regulator609                            *                                    
21p-cluster00224 COG0015 [F]adenylosuccinate lyase1365                            *     *                              
22p-cluster04222 Uncategoriziedhypothetical protein111                                                                 
23p-cluster00658 COG1028 [IQR]oxidoreductase765        * *     * * * * * *       *                     *        
24p-cluster39939 COG0789 [K]MerR family transcriptional regulat405                                                                 
25p-cluster01220 COG1063 [ER]S-(hydroxymethyl)glutathione dehydr1122                                  *                              
26p-cluster07458 COG0627 [R]S-formylglutathione hydrolase828          *                                                      
27p-cluster04027 Uncategoriziedhypothetical protein231                                                                 
28p-cluster00217 COG0541 [U]cell division protein FtsY1425        *       *                 *                              
29p-cluster01322 COG4137 [R]ABC transporter permease795                                                                 
30p-cluster00255 COG1253 [R]membrane protein1314        * *   *   * * * * * *   * *                              
31p-cluster00931 COG0811 [U]energy transducer TonB468        * *   *                   *                              
32p-cluster02694 COG0848 [U]biopolymer transporter ExbD474          *           *                                          
33p-cluster00636 COG0810 [M]cell envelope protein TonB792          *           *           *                              
34p-cluster02816 Uncategoriziedhypothetical protein315                                                                 
35p-cluster39562 Uncategoriziedhypothetical protein177                                                                 
36p-cluster02414 Uncategoriziedhypothetical protein177                                                                 
37p-cluster39655 COG2184 [D]fic-1 cell filamentation543                                                                 
38p-cluster02409 COG2184 [D]filamentation induced by cAMP prote1035                                *                                
39p-cluster15290 Uncategoriziedcell filamentation protein Fic468                                                                 
40p-cluster14850 Uncategoriziedhypothetical protein147                                                                 
41p-cluster01779 Uncategoriziedhypothetical protein138                                                                 
42p-cluster00033 COG0243 [C]trimethylamine N-oxide reductase I 2487      * * *   * *   *             *                   *          
43p-cluster39603 COG0243 [C]dimethyl sulfoxide reductase subuni687                    *                                            
44p-cluster39654 COG0437 [C]dimethyl sulfoxide reductase621      * *     *                                                  
45p-cluster00585 COG3302 [R]dimethyl sulfoxide reductase837                *                                                
46p-cluster00807 COG3381 [R]hypothetical protein612                                                                 
47p-cluster04039 COG1145 [C]ferredoxin231                *                                                
48p-cluster00515 COG0752 [J]glycyl-tRNA synthetase906                *                                                
49p-cluster01075 COG4545 [O]hypothetical protein261                                *                                
50p-cluster14934 Uncategoriziedhypothetical protein102                                                                 

Please send any comment/suggestion to kitticho@uw.edu
Compatible browswer

tumblr site counter

 

Gene Completeness

>=100%
=70%
<70%

: Similar sequence present
: Not present

* : Within 300 bp from ends
F : Possible frameshift
I : Island genes