aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

Keyword search
Search for
Also include clusters with significant sequence similarity
Also include clusters containing upstream and downstream genes (Must sort rows by Gene position in a genome first)

BLAST search
Sequence type

Row sorting and cell coloring options
Sort rows by Order rows in
Color cells by Display rows

Row filtering options
 Show COG of type
 Show clusters with minimum expected length of bp
Show clusters containing genes near the ends of contigs
Show clusters containing genes with frameshift mutation

Display column
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


<< Prev    Next >>
First Page    Last Page
Go to page   / 72  

# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster01400 COG0242 [J]peptide deformylase510*   * *   * * * * * * * * * *   * * *     * * * *   * * * * * *  
2p-cluster14767 COG0223 [J]hypothetical protein336                            *                                    
3p-cluster00233 COG0144 [J]methionyl-tRNA formyltransferase2307              * * * * * * * * *                                  
4p-cluster00233 COG0144 [J]methionyl-tRNA formyltransferase2307              * * * * * * * * *                                  
5p-cluster00218 COG0569 [P]potassium transporter peripheral me1374          *   *                   *                              
6p-cluster00993 COG1970 [M]hypothetical protein393              *                                       *          
7p-cluster00965 COG3076 [S]RNase E inhibitor protein432        *     *             *                         *          
8p-cluster00710 COG3471 [S]hypothetical protein720        * *   *             *     *                              
9p-cluster00813 COG1047 [O]peptidylprolyl isomerase636          *                                                      
10p-cluster06396 COG2841 [S]hypothetical protein216          *                                                      
11p-cluster02017 COG0394 [T]protein tyrosine phosphatase492          *                       *                              
12p-cluster00197 COG0621 [J](dimethylallyl)adenosine tRNA methy1422        * *     *     *           *                              
13p-cluster07659 COG3036 [S]hypothetical protein294          *     *                 *                              
14p-cluster01015 Uncategorizieddithiol-disulfide isomerase360                *                 *                              
15p-cluster14894 Uncategoriziedhypothetical protein75          *                                                      
16p-cluster01434 COG1393 [P]arsenate reductase348          *                       *                              
17p-cluster00386 COG0628 [R]permase1059        * *     *                 *                              
18p-cluster00668 COG0813 [F]uridine phosphorylase756        * *   *     *             *                   *          
19p-cluster00951 COG1522 [K]transcriptional regulator471        * *   * *   *             *                              
20p-cluster00439 COG2502 [E]asparagine synthetase AsnA990        * *   *     *             *                              
21p-cluster00394 COG0042 [J]tRNA-dihydrouridine synthase1059        * *   * *           *     *                              
22p-cluster39774 COG0042 [J]tRNA-dihydrouridine synthase A561                *                                                
23p-cluster06402 COG0038 [P]chloride channel protein EriC1389        * *   * *           *     *                              
24p-cluster14813 COG0038 [P]hypothetical protein198              *                                                  
25p-cluster05013 Uncategoriziedhypothetical protein189                                  *                              
26p-cluster01256 COG0078 [E]ornithine carbamoyltransferase1002        * *       *               *                              
27p-cluster01275 COG0549 [E]carbamate kinase930          *                                                      
28p-cluster00159 COG1288 [S]hypothetical protein1527          *                                                      
29p-cluster00934 COG1522 [K]leucine-responsive transcriptional 714                                                                 
30p-cluster14886 COG1522 [K]hypothetical protein222                      * * *                                      
31p-cluster14885 COG1522 [K]AsnC family transcriptional regulat375*     *   * *     *   * * *                                      
32p-cluster14903 Uncategoriziedhypothetical protein90          *                                                      
33p-cluster01218 COG0183 [I]acetyl-CoA acetyltransferase1179          *                                                      
34p-cluster01189 COG2031 [I]short-chain fatty acid transporter1341                                                                 
35p-cluster01360 COG2057 [I]acetate CoA-transferase663                                                                 
36p-cluster01368 COG1788 [I]acetyl-CoA:acetoacetyl-CoA transfer651        * *   *                                                  
37p-cluster39819 COG0583 [K]transcriptional regulator309          *                                                      
38p-cluster00458 COG0583 [K]CysB family transcriptional regulat969*   *   * * * * * * * * * *       *                   *          
39p-cluster39696 COG0583 [K]transcriptional regulator561          *                                                      
40p-cluster01047 COG0051 [J]30S ribosomal protein S10309          *                                                      
41p-cluster00788 COG0087 [J]50S ribosomal protein L3624                                                                 
42p-cluster00818 COG0088 [J]50S ribosomal protein L4600                                                                 
43p-cluster01051 COG0089 [J]50S ribosomal protein L23300                                                                 
44p-cluster00599 COG0090 [J]50S ribosomal protein L2819                                                                 
45p-cluster01680 COG0185 [J]30S ribosomal protein S19273                                                                 
46p-cluster01440 COG0091 [J]50S ribosomal protein L22330                                                                 
47p-cluster00715 COG0092 [J]30S ribosomal protein S3705                                                                 
48p-cluster00985 COG0197 [J]50S ribosomal protein L16408                                                                 
49p-cluster01107 COG0255 [J]50S ribosomal protein L29189          *                       *                              
50p-cluster01083 COG0186 [J]30S ribosomal protein S17255          *                       *         * * *   * * * * *    

Please send any comment/suggestion to kitticho@uw.edu
Compatible browswer

tumblr site counter

 

Gene Completeness

>=100%
=70%
<70%

: Similar sequence present
: Not present

* : Within 300 bp from ends
F : Possible frameshift
I : Island genes