aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

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1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


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# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster01400 COG0242 [J]peptide deformylase510*   * *   * * * * * * * * * *   * * *     * * * *   * * * * * *  
2p-cluster14767 COG0223 [J]hypothetical protein336                            *                                    
3p-cluster00233 COG0144 [J]methionyl-tRNA formyltransferase2307              * * * * * * * * *                                  
4p-cluster00233 COG0144 [J]methionyl-tRNA formyltransferase2307              * * * * * * * * *                                  
5p-cluster00218 COG0569 [P]potassium transporter peripheral me1374          *   *                   *                              
6p-cluster00993 COG1970 [M]hypothetical protein393              *                                       *          
7p-cluster00965 COG3076 [S]RNase E inhibitor protein432        *     *             *                         *          
8p-cluster00710 COG3471 [S]hypothetical protein720        * *   *             *     *                              
9p-cluster00813 COG1047 [O]peptidylprolyl isomerase636          *                                                      
10p-cluster06396 COG2841 [S]hypothetical protein216          *                                                      
11p-cluster02017 COG0394 [T]protein tyrosine phosphatase492          *                       *                              
12p-cluster00197 COG0621 [J](dimethylallyl)adenosine tRNA methy1422        * *     *     *           *                              
13p-cluster07659 COG3036 [S]hypothetical protein294          *     *                 *                              
14p-cluster01015 Uncategorizieddithiol-disulfide isomerase360                *                 *                              
15p-cluster14894 Uncategoriziedhypothetical protein75          *                                                      
16p-cluster01434 COG1393 [P]arsenate reductase348          *                       *                              
17p-cluster00386 COG0628 [R]permase1059        * *     *                 *                              
18p-cluster00668 COG0813 [F]uridine phosphorylase756        * *   *     *             *                   *          
19p-cluster00951 COG1522 [K]transcriptional regulator471        * *   * *   *             *                              
20p-cluster00439 COG2502 [E]asparagine synthetase AsnA990        * *   *     *             *                              
21p-cluster00394 COG0042 [J]tRNA-dihydrouridine synthase1059        * *   * *           *     *                              
22p-cluster39774 COG0042 [J]tRNA-dihydrouridine synthase A561                *                                                
23p-cluster06402 COG0038 [P]chloride channel protein EriC1389        * *   * *           *     *                              
24p-cluster14813 COG0038 [P]hypothetical protein198              *                                                  
25p-cluster05013 Uncategoriziedhypothetical protein189                                  *                              
26p-cluster01256 COG0078 [E]ornithine carbamoyltransferase1002        * *       *               *                              
27p-cluster01275 COG0549 [E]carbamate kinase930