aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

Keyword search
Search for
Also include clusters with significant sequence similarity
Also include clusters containing upstream and downstream genes (Must sort rows by Gene position in a genome first)

BLAST search
Sequence type

Row sorting and cell coloring options
Sort rows by Order rows in
Color cells by Display rows

Row filtering options
 Show COG of type
 Show clusters with minimum expected length of bp
Show clusters containing genes near the ends of contigs
Show clusters containing genes with frameshift mutation

Display column
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


<< Prev    Next >>
First Page    Last Page
Go to page   / 71  

# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster00133 COG0504 [F]CTP synthetase1632          *                 * * * *       * * * *   * * * * *    
2p-cluster01481 COG1114 [E]branched-chain amino acid transport1500        * *     *             *   *                              
3p-cluster39857 Uncategoriziedhypothetical protein87        * *                                                      
4p-cluster06973 COG0316 [S]amino acid ABC transporter substrat582        * *                       *                              
5p-cluster00732 COG1040 [R]competence protein ComF801          *                                                      
6p-cluster00321 COG0561 [R]hydrolase1173        * *                   *   *                              
7p-cluster39516 COG0561 [R]COF family hydrolase654                    *                                            
8p-cluster14923 COG0561 [R]hypothetical protein180                    *                                            
9p-cluster00353 COG0136 [E]aspartate-semialdehyde dehydrogenas1110        *                         *                              
10p-cluster02261 COG1555 [L]competence protein comEA714          *   *                   *                              
11p-cluster01493 COG0542 [O]ATPase AAA2586        * *   *                   *                              
12p-cluster01693 Uncategoriziedhypothetical protein117                                                                 
13p-cluster00893 Uncategoriziedlipoprotein516                                                                 
14p-cluster00412 COG0150 [F]phosphoribosylaminoimidazole synthe1038                                                                 
15p-cluster04508 COG0299 [F]phosphoribosylglycinamide formyltra186                                                                 
16p-cluster00598 COG0253 [E]diaminopimelate epimerase822                                                                 
17p-cluster00536 COG0582 [L]site-specific tyrosine recombinase 888                *                                                
18p-cluster00536 COG0582 [L]site-specific tyrosine recombinase 888                *                                                
19p-cluster00975 Uncategoriziedexcinuclease ABC subunit A423          *                       *                              
20p-cluster01299 Uncategoriziedhypothetical protein414          *                                                      
21p-cluster39747 Uncategoriziedlipoprotein, putative264                                  *                              
22p-cluster00680 Uncategoriziedhypothetical protein741                                  *                              
23p-cluster00631 COG0204 [I]acyl-phosphate glycerol 3-phosphate786                *                                                
24p-cluster14730 COG0204 [I]1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyl216                *                                                
25p-cluster01082 COG0236 [IQ]acyl carrier protein288                *                                                
26p-cluster01090 COG0236 [IQ]acyl carrier protein249                                                                 
27p-cluster00232 COG0365 [I]AMP-binding protein1677          *     *                                                
28p-cluster00869 COG4648 [S]membrane protein543          *                                                      
29p-cluster00232 COG0365 [I]AMP-binding protein1677          *     *                                                
30p-cluster00708 COG0463 [M]glycosyl transferase720                *                                                
31p-cluster01278 COG4261 [R]glycosyl transferase family 2924                *                                                
32p-cluster00958 COG0824 [R]thioesterase447        *                                                        
33p-cluster00837 Uncategoriziedmembrane protein594        *                                                        
34p-cluster00051 COG4258 [R]membrane protein2283                *                               *                
35p-cluster02672 Uncategoriziedlipoprotein, putative567                                                                 
36p-cluster00298 COG0304 [IQ]3-oxoacyl-ACP synthase1245      * * *   *     *     *       *                              
37p-cluster39780 COG0304 [IQ]hypothetical protein348                *                                                
38p-cluster00962 COG4706 [I]dehydratase441                                                                 
39p-cluster01639 COG1028 [IQR]dioxygenase846        *     *                   *                              
40p-cluster39770 COG1028 [IQR]3-ketoacyl-ACP reductase540                *                                                
41p-cluster00298 COG0304 [IQ]3-oxoacyl-ACP synthase1245      * * *   *     *     *       *                              
42p-cluster01163 COG0362 [G]6-phosphogluconate dehydrogenase, d1521        *     *             * * * *                              
43p-cluster08339 Uncategoriziedhypothetical protein186              *                                                  
44p-cluster01418 COG3309 [S]virulence-associated protein D519        * *                       *                              
45p-cluster01075 COG4545 [O]hypothetical protein261                                *                                
46p-cluster01648 COG1794 [M]aspartate racemase141                                  *                              
47p-cluster01831 COG1794 [M]racemase690                                                                 
48p-cluster02327 Uncategoriziedhypothetical protein429                                                                 
49p-cluster00722 COG0363 [G]6-phosphogluconolactonase696      * * *                 *     *                              
50p-cluster00147 COG0364 [G]glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase1557          *                                                      

Please send any comment/suggestion to kitticho@uw.edu
Compatible browswer

tumblr site counter

 

Gene Completeness

>=100%
=70%
<70%

: Similar sequence present
: Not present

* : Within 300 bp from ends
F : Possible frameshift
I : Island genes