aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

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1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


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# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster01410 COG0526 [OC]hypothetical protein480          *                                                      
2p-cluster01373 COG0785 [O]cytochrome C biogenesis protein639                                  *                              
3p-cluster00362 COG0225 [O]peptide methionine sulfoxide reduct1068                                  *                              
4p-cluster01350 COG0288 [P]carbonic anhydrase690          *                       *                              
5p-cluster10537 COG2823 [R]outer membrane lipoprotein591          *                                                      
6p-cluster00833 COG0279 [G]phosphoheptose isomerase582        * *   * *                 *             *                
7p-cluster01014 COG0792 [L]endonuclease366          *     *                                                
8p-cluster00119 COG3107 [R]penicillin-binding protein1722        * *                       *                              
9p-cluster00576 COG0313 [R]tetrapyrrole methylase846        * *     *                 *                              
10p-cluster00141 COG0578 [C]FAD-dependent oxidoreductase1590      *   *                       *                   *          
11p-cluster01618 COG1252 [C]NADH dehydrogenase1347        * *                                           *          
12p-cluster03729 COG1182 [I]FMN-dependent NADH-azoreductase588          *   *                 *                                
13p-cluster05727 COG0616 [OU]peptidase1059        * *   *                 * *                              
14p-cluster01699 Uncategoriziedhypothetical protein138                                                                 
15p-cluster00520 COG2885 [M]plastocyanin834        * *   *                   *                              
16p-cluster01295 COG3001 [G]hypothetical protein873        * *   * *                 *                              
17p-cluster00079 COG0441 [J]threonine--tRNA ligase1929*   * * * *   * * * * * * *       *                              
18p-cluster02283 COG2189 [L]putative type III restriction-modif351                                                                 
19p-cluster03482 COG2189 [L]type III restriction-modification s444                                                                 
20p-cluster39648 COG3587 [V]restriction endonuclease EcoPI subu297                                                                 
21p-cluster10430 Uncategoriziedhypothetical protein111                                                                 
22p-cluster00642 COG1018 [C]ferredoxin-NADP reductase777*   * * * * * * * * * * * *       *                              
23p-cluster08565 COG0290 [J]translation initiation factor IF-3552    *   * *   *                   *                              
24p-cluster02092 Uncategoriziedhypothetical protein204        *                                                        
25p-cluster02869 COG0291 [J]50S ribosomal protein L35195                                                                 
26p-cluster01432 COG0292 [J]50S ribosomal protein L20351          * *                   * *                              
27p-cluster10338 Uncategoriziedmembrane protein393                                    *                            
28p-cluster01601 Uncategoriziedhypothetical protein117                                                                 
29p-cluster01271 COG3684 [G]tagatose-bisphosphate aldolase951        * * * *