aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

Keyword search
Search for
Also include clusters with significant sequence similarity
Also include clusters containing upstream and downstream genes (Must sort rows by Gene position in a genome first)

BLAST search
Sequence type

Row sorting and cell coloring options
Sort rows by Order rows in
Color cells by Display rows

Row filtering options
 Show COG of type
 Show clusters with minimum expected length of bp
Show clusters containing genes near the ends of contigs
Show clusters containing genes with frameshift mutation

Display column
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


<< Prev    Next >>
First Page    Last Page
Go to page   / 71  

# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster01410 COG0526 [OC]hypothetical protein480          *                                                      
2p-cluster01373 COG0785 [O]cytochrome C biogenesis protein639                                  *                              
3p-cluster00362 COG0225 [O]peptide methionine sulfoxide reduct1068                                  *                              
4p-cluster01350 COG0288 [P]carbonic anhydrase690          *                       *                              
5p-cluster10537 COG2823 [R]outer membrane lipoprotein591          *                                                      
6p-cluster00833 COG0279 [G]phosphoheptose isomerase582        * *   * *                 *             *                
7p-cluster01014 COG0792 [L]endonuclease366          *     *                                                
8p-cluster00119 COG3107 [R]penicillin-binding protein1722        * *                       *                              
9p-cluster00576 COG0313 [R]tetrapyrrole methylase846        * *     *                 *                              
10p-cluster00141 COG0578 [C]FAD-dependent oxidoreductase1590      *   *                       *                   *          
11p-cluster01618 COG1252 [C]NADH dehydrogenase1347        * *                                           *          
12p-cluster03729 COG1182 [I]FMN-dependent NADH-azoreductase588          *   *                 *                                
13p-cluster05727 COG0616 [OU]peptidase1059        * *   *                 * *                              
14p-cluster01699 Uncategoriziedhypothetical protein138                                                                 
15p-cluster00520 COG2885 [M]plastocyanin834        * *   *                   *                              
16p-cluster01295 COG3001 [G]hypothetical protein873        * *   * *                 *                              
17p-cluster00079 COG0441 [J]threonine--tRNA ligase1929*   * * * *   * * * * * * *       *                              
18p-cluster02283 COG2189 [L]putative type III restriction-modif351                                                                 
19p-cluster03482 COG2189 [L]type III restriction-modification s444                                                                 
20p-cluster39648 COG3587 [V]restriction endonuclease EcoPI subu297                                                                 
21p-cluster10430 Uncategoriziedhypothetical protein111                                                                 
22p-cluster00642 COG1018 [C]ferredoxin-NADP reductase777*   * * * * * * * * * * * *       *                              
23p-cluster08565 COG0290 [J]translation initiation factor IF-3552    *   * *   *                   *                              
24p-cluster02092 Uncategoriziedhypothetical protein204        *                                                        
25p-cluster02869 COG0291 [J]50S ribosomal protein L35195                                                                 
26p-cluster01432 COG0292 [J]50S ribosomal protein L20351          * *                   * *                              
27p-cluster10338 Uncategoriziedmembrane protein393                                    *                            
28p-cluster01601 Uncategoriziedhypothetical protein117                                                                 
29p-cluster01271 COG3684 [G]tagatose-bisphosphate aldolase951        * * * *                 * *                              
30p-cluster02258 COG3684 [G]hypothetical protein321                                                                 
31p-cluster02166 COG3775 [G]tagatose-bisphosphate aldolase2199      *   *                                                      
32p-cluster02376 COG4573 [G]hypothetical protein447                                                                 
33p-cluster02316 COG1762 [GT]PTS galactitol transporter subunit 447                                                                 
34p-cluster02371 COG3414 [G]PTS galactitol transporter subunit 282                                                                 
35p-cluster02539 COG3775 [G]PTS galactitol transporter subunit 1362                                                                 
36p-cluster00619 COG1349 [KG]glucitol operon repressor795        * *   * * *             * *                 * * *        
37p-cluster39621 COG1349 [KG]DeoR family transcriptional regulat402                            *                       *            
38p-cluster00092 COG1154 [HI]1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synt1857        * *     * *             * *                              
39p-cluster00445 COG0142 [H]octaprenyl-diphosphate synthase987        * *                       *                              
40p-cluster03986 COG1722 [L]exodeoxyribonuclease VII small subu243      * * *   * *                                                
41p-cluster00524 COG0777 [I]acetyl-CoA carboxylase subunit beta900        * *   *                                                  
42p-cluster00236 COG0285 [H]folylpolyglutamate synthase1344                                                                 
43p-cluster01372 COG0406 [G]phosphoglycerate mutase639        * *   * *                 *                              
44p-cluster15393 COG0406 [G]hypothetical protein204                                                                 
45p-cluster00181 COG1502 [I]cardiolipin synthetase1455        * *         *             *                              
46p-cluster01279 COG2431 [S]membrane protein915        * *     *                                                
47p-cluster39738 COG0564 [J]pseudouridine synthase201                                                                 
48p-cluster00456 COG0564 [J]tRNA pseudouridine synthase C1047*   * * * * * * * * * *     *     *                   *          
49p-cluster39449 COG0564 [J]pseudouridine synthase Rlu family p369                                                                 
50p-cluster01637 COG0697 [GER]UAA transporter family protein861                      *     *                                    

Please send any comment/suggestion to kitticho@uw.edu
Compatible browswer

tumblr site counter

 

Gene Completeness

>=100%
=70%
<70%

: Similar sequence present
: Not present

* : Within 300 bp from ends
F : Possible frameshift
I : Island genes