aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

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1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


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# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster04378 Uncategoriziedhypothetical protein216                                        *                        
2p-cluster04378 Uncategoriziedhypothetical protein216                                                                 
3p-cluster01753 Uncategoriziedhypothetical protein282        * *                     * *                              
4p-cluster04441 Uncategoriziedhypothetical protein165                                  *                              
5p-cluster04964 Uncategoriziedhypothetical protein132                                  *                              
6p-cluster14845 COG1192 [D]hypothetical protein279                                                                 
7p-cluster02649 COG1192 [D]partition protein639                              *   *                              
8p-cluster01741 Uncategoriziedhypothetical protein237                              *                                  
9p-cluster11592 COG3177 [S]hypothetical protein306                                                                 
10p-cluster14857 COG4795 [U]hypothetical protein270                                                                 
11trna-cluster00044 UncategoriziedtRNA-Lys77        *     * *   *             *                              
12trna-cluster00003 UncategoriziedtRNA-Lys76        * *   * *   * * * *       *                              
13trna-cluster00003 UncategoriziedtRNA-Lys76        * *   * *   * * * *       *                              
14p-cluster00938 COG2885 [M]membrane protein465        *                         *                              
15p-cluster00276 COG0823 [U]translocation protein TolB1278          *                       *                   *          
16p-cluster01209 COG3064 [M]cell envelope biogenesis protein To1248        * *                       *                   *          
17p-cluster39445 COG3064 [M]cell envelope biogenesis protein To1023                                                                 
18p-cluster00978 COG0848 [U]colicin uptake protein TolR420        *                                                        
19p-cluster00717 COG0811 [U]colicin uptake protein TolQ687        * *                       *                              
20p-cluster00991 COG0824 [R]hypothetical protein402          *                       *                              
21p-cluster00338 COG1294 [C]cytochrome d ubiquinol oxidase subu1134        * *     *                 *                              
22p-cluster01161 COG1271 [C]cytochrome d terminal oxidase subun1563        * *   * *                 *                              
23p-cluster06755 Uncategoriziedtyrosine recombinase XerD342        * *                       *                              
24p-cluster01249 COG2255 [L]ATP-dependent DNA helicase RuvB1011                                                                 
25p-cluster00806 COG0632 [L]Holliday junction ATP-dependent DNA612        * *   * *                                                
26p-cluster00847 COG0817 [L]Holliday junction resolvase570        * *   * *                                                
27p-cluster00988 Uncategoriziedhypothetical protein411                                                                 
28p-cluster00683 COG0217 [S]hypothetical protein738        * *