aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

Keyword search
Search for
Also include clusters with significant sequence similarity
Also include clusters containing upstream and downstream genes (Must sort rows by Gene position in a genome first)

BLAST search
Sequence type

Row sorting and cell coloring options
Sort rows by Order rows in
Color cells by Display rows

Row filtering options
 Show COG of type
 Show clusters with minimum expected length of bp
Show clusters containing genes near the ends of contigs
Show clusters containing genes with frameshift mutation

Display column
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


<< Prev    Next >>
First Page    Last Page
Go to page   / 73  

# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster00230 COG0593 [L]chromosomal replication initiation 1359        * *                     * *   *               *          
2p-cluster00357 COG0592 [L]DNA polymerase III subunit beta1101        * *                       *                              
3p-cluster00376 COG1195 [L]DNA replication protein RecF1074                                  *                              
4p-cluster00671 COG0500 [QR]hypothetical protein753        * *   * *   *             *                              
5p-cluster01558 COG2032 [P]superoxide dismutase573        * *   * *   *             *       * * * *   * * * * *    
6p-cluster39588 Uncategoriziedtransposase IS1296129*   *   * * *                             * *         * *        
7p-cluster00001 Uncategoriziedtransposase ISPsy8477        * * *   *     * *         *         *       * * *   *    
8p-cluster39797 Uncategoriziedtransposase ISPsy890              *                                                  
9p-cluster39642 COG2801 [L]integrase282              *       *                                          
10p-cluster14487 COG1396 [K]DNA-binding protein348                                            * * *   * * * * *    
11p-cluster02179 COG0281 [C]malate oxidoreductase [NAD]1635                                                                 
12p-cluster01934 Uncategoriziedhypothetical protein1833                    *                                 *          
13p-cluster39580 Uncategoriziedhypothetical protein363                                                                 
14p-cluster03273 Uncategoriziedhypothetical protein1044                                                                 
15p-cluster03132 Uncategoriziedhypothetical protein1608                                                                 
16p-cluster01787 COG0210 [L]helicase IV2892                                                                 
17p-cluster01950 COG0790 [R]hypothetical protein1734                                                                 
18p-cluster02069 COG1396 [K]DNA-binding protein228                                                                 
19p-cluster02266 Uncategoriziedhypothetical protein672                                                                 
20p-cluster01838 Uncategoriziedhypothetical protein474                                                                 
21p-cluster01928 COG3587 [V]restriction endonuclease2619                                                                 
22p-cluster01936 COG2189 [L]DNA methylase N-41734        * *     *                 *                              
23p-cluster02070 UncategoriziedtRNA delta(2)-isopentenylpyrophosph219                                                                 
24p-cluster01285 COG2842 [R]transposase891                                                                 
25p-cluster02641 UncategoriziedTnsA endonuclease660                            *     *                              
26p-cluster02301 COG2081 [R]hypothetical protein405                                                                 
27p-cluster03251 COG3088 [O]nitrite reductase1083                                                                 
28p-cluster00866 COG0526 [OC]thiol:disulfide interchange protein543*       * *     *                                           *    
29p-cluster00078 COG1138 [O]heme lyase subunit CcmF2112*       * *                       *                     *   *    
30p-cluster01559 Uncategoriziedhypothetical protein93                *                                                
31p-cluster08924 Uncategoriziedhypothetical protein255          *   *                                                  
32p-cluster05106 Uncategoriziedhypothetical protein120                                                                 
33p-cluster00464 COG3301 [P]nitrite reductase963        * *   *                   *                              
34p-cluster00501 COG0437 [C]hydrogenase1038                                  *                              
35p-cluster02228 Uncategoriziedcysteine dioxygenase663                                                                 
36p-cluster00155 COG3303 [P]cytochrome C nitrite reductase1530        * *                       *                   *          
37p-cluster01854 Uncategoriziedhypothetical protein288        *     *     *                                 *          
38p-cluster01376 Uncategoriziedhypothetical protein624        *     *                 *                     *          
39p-cluster20805 Uncategoriziedhypothetical protein93                                  *                              
40p-cluster00503 COG4235 [O]hypothetical protein921        * *   *                 * *                              
41p-cluster01657 COG3088 [O]hypothetical protein549          *                                                      
42p-cluster00866 COG0526 [OC]thiol:disulfide interchange protein543*       * *     *                                           *    
43p-cluster00078 COG1138 [O]heme lyase subunit CcmF2112*       * *                       *                     *   *    
44p-cluster00892 COG2332 [O]cytochrome C biogenesis protein Ccm516                                                                 
45p-cluster01865 Uncategoriziedhemagglutination activity protein204                                                                 
46p-cluster00688 COG0755 [O]heme ABC transporter permease738      *                                                          
47p-cluster00756 COG2386 [O]heme ABC transporter permease663      *                                                          
48p-cluster00295 COG3839 [G]maltose/maltodextrin transporter AT1116        * *   * * *               *             *       *        
49p-cluster00780 COG3842 [E]heme ABC transporter ATP-binding pr633        * *     *                                                
50p-cluster01800 COG0477 [GEPR]major facilitator transporter1230        * *     *                                                

Please send any comment/suggestion to kitticho@uw.edu
Compatible browswer

tumblr site counter

 

Gene Completeness

>=100%
=70%
<70%

: Similar sequence present
: Not present

* : Within 300 bp from ends
F : Possible frameshift
I : Island genes