aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

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1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


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# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster15538 Uncategoriziedhypothetical protein135                            *                                    
2p-cluster04922 Uncategoriziedhypothetical protein132                                                                 
3p-cluster00420 COG2896 [H]molybdenum cofactor biosynthesis pr1011        * *   *     *       *     *                     *        
4p-cluster15215 COG0315 [H]molybdenum cofactor biosynthesis pr519    *                                                            
5p-cluster15215 COG0315 [H]molybdenum cofactor biosynthesis pr519    *                                                            
6p-cluster01419 COG0314 [H]molybdopterin guanine dinucleotide 453    *     *                       *                              
7p-cluster00773 COG0625 [O]stringent starvation protein A639        * *                       *                              
8p-cluster39649 COG0625 [O]stringent starvation protein A639                                                                 
9p-cluster00942 COG2969 [R]starvation protein B459        * *                                                      
10p-cluster05284 Uncategoriziedhypothetical protein129                                                                 
11p-cluster00202 COG0017 [J]asparaginyl-tRNA synthetase1401        * *   * *   *       *     *                   *          
12p-cluster15420 COG0017 [J]asparaginyl-tRNA synthetase204                *                                                
13p-cluster00296 COG1940 [KG]NagC-like transcriptional regulator1227        * *   *     *       *     *                   *          
14p-cluster00695 COG0132 [H]dethiobiotin synthetase726          *       * *             *                              
15p-cluster00145 COG1070 [G]autoinducer kinase1572          *     *                 *                   * *        
16p-cluster39656 COG1070 [G]hypothetical protein555                                                                 
17p-cluster00461 COG2390 [K]transcriptional regulator LsrR963        * *   *                   *                   * *        
18p-cluster14879 COG1129 [G]ABC transporter ATP-binding protein348                      *                                          
19p-cluster39923 COG1131 [V]multidrug ABC transporter ATP-bindi2742      * * *   * *   *           * *       * * *     *     * *    
20p-cluster39912 COG1172 [G]ABC transporter permease1014                *                         *                      
21p-cluster39912 COG1172 [G]ABC transporter permease1014                *                         *                      
22p-cluster01232 COG1879 [G]autoinducer 2-binding protein lsrB1095                *                         *                      
23p-cluster04674 Uncategoriziedhypothetical protein159                                                                 
24p-cluster03612 COG1830 [G]autoinducer 2 aldolase876                                  *