aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

Keyword search
Search for
Also include clusters with significant sequence similarity
Also include clusters containing upstream and downstream genes (Must sort rows by Gene position in a genome first)

BLAST search
Sequence type

Row sorting and cell coloring options
Sort rows by Order rows in
Color cells by Display rows

Row filtering options
 Show COG of type
 Show clusters with minimum expected length of bp
Show clusters containing genes near the ends of contigs
Show clusters containing genes with frameshift mutation

Display column
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


<< Prev    Next >>
First Page    Last Page
Go to page   / 73  

# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster01400 COG0242 [J]peptide deformylase510*   * *   * * * * * * * * * *   * * *     * * * *   * * * * * *  
2p-cluster14767 COG0223 [J]hypothetical protein336                            *                                    
3p-cluster00233 COG0144 [J]methionyl-tRNA formyltransferase2307              * * * * * * * * *                                  
4p-cluster00233 COG0144 [J]methionyl-tRNA formyltransferase2307              * * * * * * * * *                                  
5p-cluster00218 COG0569 [P]potassium transporter peripheral me1374          *   *                   *                              
6p-cluster00993 COG1970 [M]hypothetical protein393              *                                       *          
7p-cluster00965 COG3076 [S]RNase E inhibitor protein432        *     *             *                         *          
8p-cluster00710 COG3471 [S]hypothetical protein720        * *   *             *     *                              
9p-cluster00813 COG1047 [O]peptidylprolyl isomerase636          *                                                      
10p-cluster39583 Uncategoriziedhypothetical protein144                                                                 
11p-cluster39599 Uncategoriziedtransposase93                    *                                            
12p-cluster39812 Uncategoriziedtransposase102            *                                                    
13p-cluster00804 COG2801 [L]hypothetical protein177                                                                 
14p-cluster00398 COG0859 [M]ADP-heptose--LPS heptosyltransferas1056                                                                 
15p-cluster00500 COG0451 [MG]ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epi924        * *   *                   *                              
16p-cluster08126 Uncategoriziedhypothetical protein150                                                                 
17p-cluster00615 Uncategoriziedshikimate kinase798              *                                                  
18p-cluster01140 COG0737 [F]2, 3-cyclic nucleotide 2-phosphodie1974      * *                                                        
19p-cluster39574 COG0737 [F]NAD nucleotidase1698          *                       *                              
20p-cluster14937 COG0737 [F]hypothetical protein315        *                                                        
21p-cluster00001 Uncategoriziedtransposase ISPsy8477        * * *   *     * *         *         *       * * *   *    
22p-cluster39466 Uncategoriziedtransposase183                                          *               *      
23p-cluster01915 COG0662 [G]cupin315          *   *                                                  
24p-cluster00015 COG0258 [L]DNA polymerase I2799        *       *                                                
25p-cluster01392 Uncategoriziedmembrane protein561                                                                 
26p-cluster01096 COG5645 [R]hypothetical protein228                                                                 
27p-cluster00074 COG0210 [L]DNA-dependent helicase II2172                *                                                
28p-cluster39786 COG0210 [L]ATP-dependent DNA helicase Rep858                *                                                
29trna-cluster00013 UncategoriziedtRNA-Ser97                                                                 
30trna-cluster00005 UncategoriziedtRNA-Arg77                                                                 
31trna-cluster00005 UncategoriziedtRNA-Arg77                                                                 
32p-cluster01671 Uncategoriziedhypothetical protein378                                                                 
33p-cluster01745 COG0637 [R]hypothetical protein606                                                                 
34p-cluster00814 COG0110 [R]galactoside O-acetyltransferase612            *         *                                          
35p-cluster06280 COG1238 [S]membrane protein486        * * * *       *           *                              
36p-cluster00899 COG1854 [T]S-ribosylhomocysteinase528        * *   *                   *                              
37p-cluster11299 Uncategoriziedhypothetical protein150        *                                                        
38p-cluster00456 COG0564 [J]tRNA pseudouridine synthase C1047*   * * * * * * * * * *     *     *                   *          
39p-cluster06237 COG3201 [H]nicotinamide riboside transporter p687                                                                 
40p-cluster01306 COG4123 [R]tRNA (adenine-N6)-methyltransferase705                                                                 
41p-cluster00101 COG0513 [LKJ]ATP-dependent RNA helicase SrmB1329        * *   *                                                  
42p-cluster14740 COG0513 [LKJ]DEAD/DEAH box helicase648          *     *                                                
43p-cluster39832 COG0513 [LKJ]RNA helicase966          *     *                                                
44p-cluster05335 Uncategoriziedcatalase168                                                                 
45p-cluster00262 COG1373 [R]ATPase1302        * *   *                   *                              
46p-cluster02536 Uncategoriziedhypothetical protein1398                                                      *          
47p-cluster01839 Uncategoriziedmolecular chaperone Tir480                                                                 
48p-cluster01833 Uncategoriziedmolecular chaperone Tir642                                                                 
49p-cluster00783 COG0259 [H]pyridoxamine 5-phosphate oxidase630          *   *                                                  
50p-cluster00179 COG2271 [G]glycerol-3-phosphate transporter1461          * * * * *   *     *     *                              

Please send any comment/suggestion to kitticho@uw.edu
Compatible browswer

tumblr site counter

 

Gene Completeness

>=100%
=70%
<70%

: Similar sequence present
: Not present

* : Within 300 bp from ends
F : Possible frameshift
I : Island genes