aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

Keyword search
Search for
Also include clusters with significant sequence similarity
Also include clusters containing upstream and downstream genes (Must sort rows by Gene position in a genome first)

BLAST search
Sequence type

Row sorting and cell coloring options
Sort rows by Order rows in
Color cells by Display rows

Row filtering options
 Show COG of type
 Show clusters with minimum expected length of bp
Show clusters containing genes near the ends of contigs
Show clusters containing genes with frameshift mutation

Display column
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


<< Prev    Next >>
First Page    Last Page
Go to page   / 73  

# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster00047 COG2183 [K]transcription accessory protein2346    * * * * * * *   * *           *                           *  
2p-cluster00145 COG1070 [G]autoinducer kinase1572          *     *                                     * *        
3p-cluster39853 COG1070 [G]L-xylulose/3-keto-L-gulonate kinase1293        *                                                        
4p-cluster00431 COG1172 [G]sugar ABC transporter permease1125      * * *                       *                              
5p-cluster00057 COG1092 [R]23S rRNA methyltransferase2160        * *   *                   *                              
6p-cluster01026 COG3080 [C]fumarate reductase342                *                                                
7p-cluster00996 COG3029 [C]fumarate reductase390                *                                                
8p-cluster14392 COG1053 [C]fumarate reductase1812        * *                                                      
9p-cluster14392 COG1053 [C]fumarate reductase1812        * *                       *                              
10p-cluster00930 COG2062 [T]phosphohistidine phosphatase471        * *   *                   *                 *            
11p-cluster00129 COG1109 [G]alpha-D-phosphohexomutase1656        * * * *           *                                      
12p-cluster14715 COG0294 [H]dihydropteroate synthase825            *             *                                      
13p-cluster01729 COG0389 [L]DNA polymerase IV1092*   * * * * * * * * * * * *     * *                              
14p-cluster07004 COG1187 [J]RNA pseudouridine synthase318        * *   *                   *                              
15p-cluster01824 COG1285 [S]membrane protein714        * *                                                      
16p-cluster06315 Uncategoriziedhypothetical protein909*   * * * * * * * * * * * *                                      
17p-cluster00088 COG0050 [J]translation elongation factor1857      *         *                                                
18p-cluster00208 COG1921 [E]selenocysteine synthase1392          *     *                                                
19p-cluster03044 Uncategoriziedhypothetical protein114                                                                 
20p-cluster00121 COG0442 [J]prolyl-tRNA synthetase1719          *     *                                                
21p-cluster00842 COG2076 [P]transporter330        * *     *                 *                              
22p-cluster13226 COG2938 [S]hypothetical protein252        * *                       *                              
23p-cluster00480 COG0332 [I]3-oxoacyl-ACP synthase948        * *   *                   *                              
24p-cluster00491 COG0331 [I]malonyl CoA-ACP transacylase936          *                                                      
25p-cluster01639 COG1028 [IQR]dioxygenase846        *     *                                                  
26p-cluster01098 COG0236 [IQ]acyl carrier protein228                                                                 
27p-cluster01205 COG0477 [GEPR]transporter protein1239                                                                 
28p-cluster00284 COG1158 [K]transcription termination factor Rh1260          *                                                      
29p-cluster00101 COG0513 [LKJ]ATP-dependent RNA helicase SrmB1329        * *   *                                                  
30p-cluster01447 COG0799 [S]ribosome-associated protein IOJAP306          *                                                      
31p-cluster01752 COG1576 [S]50S rRNA methyltransferase465                                                                 
32p-cluster00077 COG0768 [M]penicillin-binding protein 21959        * *     *                                                
33p-cluster00311 COG0772 [D]cell division protein FtsW1188        * *                       *                       *      
34p-cluster39788 COG0772 [D]hypothetical protein513                *                                                
35p-cluster39771 COG0772 [D]hypothetical protein507                *                                                
36p-cluster01029 COG0599 [S]hypothetical protein366        * *   *                   *                              
37p-cluster06125 COG0859 [M]glycosyl transferase1044                                                                 
38p-cluster00703 COG0515 [RTKL]3-deoxy-D-manno-octulosonic acid ki726                                                                 
39p-cluster00912 COG0669 [H]phosphopantetheine adenylyltransfer492                                                                 
40p-cluster00272 COG1519 [M]3-deoxy-D-manno-octulosonic acid tr1281                                                                 
41p-cluster00661 COG0463 [M]glycosyltransferase759        *                                                        
42p-cluster00323 COG0739 [M]peptidase M231209                                                                 
43p-cluster04239 Uncategoriziedmembrane protein189                                                                 
44p-cluster01389 COG1238 [S]membrane protein573                                                                 
45p-cluster00686 COG0496 [R]stationary phase survival protein S738                                                                 
46p-cluster00424 COG0585 [S]tRNA pseudouridine synthase D1011                                                                 
47p-cluster01568 COG0245 [I]2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodi477                                                                 
48p-cluster01348 COG1211 [I]2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate693                                                                 
49p-cluster01459 COG2919 [D]cell division protein FtsB276                                                                 
50p-cluster06998 COG0036 [G]ribulose-phosphate 3-epimerase672                *                                                

Please send any comment/suggestion to kitticho@uw.edu
Compatible browswer

tumblr site counter

 

Gene Completeness

>=100%
=70%
<70%

: Similar sequence present
: Not present

* : Within 300 bp from ends
F : Possible frameshift
I : Island genes