aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

Keyword search
Search for
Also include clusters with significant sequence similarity
Also include clusters containing upstream and downstream genes (Must sort rows by Gene position in a genome first)

BLAST search
Sequence type

Row sorting and cell coloring options
Sort rows by Order rows in
Color cells by Display rows

Row filtering options
 Show COG of type
 Show clusters with minimum expected length of bp
Show clusters containing genes near the ends of contigs
Show clusters containing genes with frameshift mutation

Display column
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


<< Prev    Next >>
First Page    Last Page
Go to page   / 73  

# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster14805 Uncategoriziedhypothetical protein381              *                 *                                
2p-cluster01629 COG0463 [M]ribonuclease III966              *                 *                                
3p-cluster00530 COG3021 [S]endoribonuclease L-PSP891        * *   *                   *                   *          
4p-cluster01710 COG0470 [L]DNA polymerase III subunit gamma/ta2043              * *                                     *          
5p-cluster00811 COG0503 [F]adenine phosphoribosyltransferase609          *     *                                                
6p-cluster00470 COG1560 [M]lauroyl acyltransferase954          *   * *                 *                              
7p-cluster01330 COG0730 [R]hypothetical protein765                                                                 
8p-cluster00517 COG3770 [M]penicillin-insensitive murein endop900                                                                 
9p-cluster00378 COG0082 [E]chorismate synthase1071                                  *                              
10p-cluster01120 COG0668 [M]hypothetical protein3336      *         *                 *                     *        
11p-cluster00104 COG0318 [IQ]long-chain fatty acid--CoA ligase1785        * *   *     *             *                              
12p-cluster39766 COG0318 [IQ]O-succinylbenzoic acid--CoA ligase576                *                                                
13p-cluster39458 COG0318 [IQ]O-succinylbenzoate-CoA ligase777                *                                                
14p-cluster00803 COG3057 [L]replication initiation regulator Se615        *                         *                              
15p-cluster00612 COG0596 [R]esterase798        * *   * *                 *                              
16p-cluster00885 COG0716 [C]flavodoxin FldA522        * *   *                   *                              
17p-cluster03772 COG0735 [P]ferric uptake regulation protein489          *                       *                              
18p-cluster01869 Uncategoriziedhypothetical protein162                                                                 
19p-cluster00020 COG0188 [L]DNA gyrase subunit A2673          *   *             *     *                              
20p-cluster01023 COG3094 [S]acetyl-CoA carboxylase348                                                                 
21p-cluster01043 COG0023 [J]translation initiation factor Sui1315                                                                 
22p-cluster00728 COG0284 [F]orotidine 5-phosphate decarboxylase690                                                                 
23p-cluster00312 COG2956 [G]hypothetical protein1188        * *   * *                 *                              
24p-cluster39822 COG2956 [G]hypothetical protein291          *                                                      
25p-cluster01057 COG3771 [S]membrane protein294          *                                                      
26p-cluster01454 COG0776 [L]integration host factor subunit alp294        * *     *                 *                              
27p-cluster00131 COG0539 [J]30S ribosomal protein S11644                                  *                              
28p-cluster00741 COG0283 [F]cytidylate kinase678          *                       *                              
29p-cluster00529 COG2990 [S]membrane protein891        * *   *                   *                   *          
30p-cluster00046 UncategoriziedTonB-dependent receptor2364              * *                 *                   *          
31p-cluster14890 UncategoriziedTonB-denpendent receptor357          *                                                      
32p-cluster14893 UncategoriziedTonB-dependent receptor435        * *                                                      
33p-cluster03098 COG0612 [R]probable zinc protease2790        * *     *                 *                              
34p-cluster01034 COG1687 [E]branched-chain amino acid ABC trans330                *                                                
35p-cluster01077 COG1296 [E]branched-chain amino acid transport729                *                                                
36p-cluster00458 COG0583 [K]CysB family transcriptional regulat969*   *   * * * * * * * * * *       *                   *          
37p-cluster04966 Uncategoriziedhypothetical protein129                                                                 
38p-cluster00049 COG0620 [E]5-methyltetrahydropteroyltriglutama2274        * *   * *                 *                              
39p-cluster14871 Uncategoriziedhypothetical protein102                                                                 
40p-cluster01294 Uncategoriziedhypothetical protein162                                                                 
41p-cluster03646 COG4122 [R]O-methyltransferase588                                                                 
42p-cluster01818 COG3649 [L]CRISPR-associated protein Csd2891                *                                                
43p-cluster02519 UncategoriziedCRISPR-associated protein Csd11791                *                 *                              
44p-cluster01832 UncategoriziedCRISPR-associated protein777          *                                                      
45p-cluster01927 COG1061 [KL]type III restriction enzyme, res su2715                      *                                          
46p-cluster01936 COG2189 [L]DNA methylase N-41734        * *     *                 *                              
47p-cluster02375 Uncategoriziedtype III DNA modification methylase507                                                                 
48p-cluster02351 COG2189 [L]hypothetical protein414                                                                 
49p-cluster03216 Uncategoriziedhypothetical protein1170                                                                 
50p-cluster04581 Uncategoriziedhypothetical protein321                                                                 

Please send any comment/suggestion to kitticho@uw.edu
Compatible browswer

tumblr site counter

 

Gene Completeness

>=100%
=70%
<70%

: Similar sequence present
: Not present

* : Within 300 bp from ends
F : Possible frameshift
I : Island genes