aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

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1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


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# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster01163 COG0362 [G]6-phosphogluconate dehydrogenase, d1521        *     *             * * * *                              
2p-cluster01418 COG3309 [S]virulence-associated protein D519        * *                       *                              
3p-cluster01075 COG4545 [O]hypothetical protein261                                *                                
4p-cluster01648 COG1794 [M]aspartate racemase141                                  *                              
5p-cluster02327 Uncategoriziedhypothetical protein429                                                                 
6p-cluster00722 COG0363 [G]6-phosphogluconolactonase696      * * *                 *     *                              
7p-cluster00147 COG0364 [G]glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase1557          *                                                      
8p-cluster00613 COG0483 [G]3-5-bisphosphate nucleotidase810          *   * *           *     *                   *          
9p-cluster00969 Uncategoriziedhypothetical protein426                                                                 
10p-cluster00068 COG1297 [S]oligopeptide transporter, OPT famil2079      * * *   *     *           * *                 *            
11p-cluster14862 COG1297 [S]peptide transporter402                                *                                
12p-cluster00790 COG3059 [S]membrane protein624        * *   *     *             *                              
13p-cluster00508 COG2207 [K]AraC family transcriptional regulat915        * *   * *                 *                              
14p-cluster39782 COG2207 [K]histidine kinase258                *                                                
15p-cluster00829 COG0494 [LR]ADP compounds hydrolase NudE588        * *                                                      
16p-cluster03477 COG1011 [R]HAD family hydrolase657        * *                                                      
17p-cluster00982 COG1188 [J]ribosome-associated heat shock prot414                                                                 
18p-cluster00549 COG1281 [O]Hsp33-like chaperonin873*   * * * * * * * * * *   *                                      
19p-cluster05188 Uncategoriziedhypothetical protein114                                                                 
20p-cluster08624 COG1826 [U]twin arginine translocase protein A276                                                                 
21p-cluster01363 COG1826 [U]preprotein translocase subunit TatB660                                                                 
22p-cluster00660 COG0805 [U]twin-arginine protein translocation765                                                                 
23p-cluster01248 COG0113 [H]delta-aminolevulinic acid dehydrata1020                                                                 
24p-cluster00064 COG0751 [J]glycyl-tRNA synthetase2151        * *   *                 * *                              
25p-cluster01933 UncategoriziedATPase1866                    *                                            
26p-cluster01933 UncategoriziedATPase1866                    *                                            
27p-cluster39757 COG4804 [S]hypothetical protein231        *     *     *             *                              
28p-cluster01998 COG4804 [S]nuclease1038