aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

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1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


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# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster39624 Uncategoriziedhypothetical protein99                            *                                    
2p-cluster00758 COG0850 [D]septum site-determining protein Min660          *             *   *                                    
3p-cluster14492 COG3100 [S]hypothetical protein249                                                                 
4p-cluster04521 Uncategoriziedhypothetical protein279                                                                 
5p-cluster00898 COG0791 [M]NLP/P60 protein516    *   * * * *     * *                                          
6p-cluster00572 COG2877 [M]2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate al852        * *   *                                                  
7p-cluster00522 COG2890 [J]SAM-dependent methyltransferase1008                *                                                
8p-cluster03289 COG0216 [J]peptide chain release factor 11083          *     * *           *                                  
9p-cluster00948 COG3133 [M]membrane protein453          *                                                      
10p-cluster39557 COG3133 [M]hypothetical protein198                                                                 
11p-cluster01385 COG3102 [S]hypothetical protein585          *                       *                              
12p-cluster00116 COG0018 [J]arginyl-tRNA synthetase1731        * *                     * *                              
13p-cluster00191 COG5339 [S]gamma-glutamyl phosphate reductase1545        *     *         * *     * *                              
14p-cluster39833 COG5339 [S]hypothetical protein438          *                                                      
15p-cluster00087 COG0443 [O]molecular chaperone DnaK1968*       * *   * *               * *                              
16p-cluster14803 Uncategoriziedhypothetical protein312                                                                 
17p-cluster14847 Uncategoriziedhypothetical protein192                                                                 
18p-cluster01559 Uncategoriziedhypothetical protein93                *                                                
19p-cluster00344 COG0484 [O]molecular chaperone DnaJ1137*     *   *     *                 *                              
20p-cluster04317 Uncategoriziedhypothetical protein231                                                                 
21p-cluster04350 Uncategoriziedplasmid stabilization protein288                                                                 
22p-cluster01437 COG2337 [T]growth inhibitor PemK351      * * *   *                                       *          
23p-cluster04336 Uncategoriziedantitoxin MazE255      *                                               *          
24p-cluster00308 COG3203 [M]membrane protein1050          *   * *                                     *          
25p-cluster39852 COG3203 [M]hypothetical protein402        *                                                        
26p-cluster01383 COG0626 [E]O-acetylhomoserine aminocarboxyprop1278        * *   * *                 *                              
27p-cluster01395 COG0558 [I]CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phos555        * *   * *   *