aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

Keyword search
Search for
Also include clusters with significant sequence similarity
Also include clusters containing upstream and downstream genes (Must sort rows by Gene position in a genome first)

BLAST search
Sequence type

Row sorting and cell coloring options
Sort rows by Order rows in
Color cells by Display rows

Row filtering options
 Show COG of type
 Show clusters with minimum expected length of bp
Show clusters containing genes near the ends of contigs
Show clusters containing genes with frameshift mutation

Display column
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


<< Prev    Next >>
First Page    Last Page
Go to page   / 73  

# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster01582 COG0582 [L]integrase681*     *   * * *   * * * * * *                                    
2trna-cluster00025 UncategoriziedtRNA-Met77                            * *                                  
3p-cluster00093 COG0568 [K]RNA polymerase sigma factor RpoD1869          *                       *                              
4p-cluster00109 COG0358 [L]DNA primase1776          *     *                                                
5p-cluster39791 COG0358 [L]DNA primase720                *                                                
6p-cluster01104 COG0828 [J]30S ribosomal protein S21213          *                                                      
7p-cluster04561 Uncategoriziedhypothetical protein177          *                                                      
8p-cluster00409 COG0533 [O]tRNA threonylcarbamoyladenosine bio1026          *                                                      
9p-cluster04168 Uncategoriziedhypothetical protein231                                                                 
10p-cluster03761 COG1435 [F]thymidine kinase576                *                                                
11p-cluster00073 COG0272 [L]NAD-dependent DNA ligase LigA2013                *                                                
12p-cluster02152 Uncategoriziedhypothetical protein111                                                                 
13p-cluster13328 COG3115 [D]cell division protein ZipA1134                                                                 
14p-cluster00595 COG2981 [E]sulfate transport protein CysZ828        * *                       *                              
15p-cluster01273 COG0031 [E]cysteine synthase945        * *                       *                              
16p-cluster14303 Uncategoriziedhypothetical protein147                *                                                
17p-cluster00839 COG1573 [L]uracil-DNA glycosylase579                *                                                
18p-cluster14802 Uncategoriziedhypothetical protein186                                                                 
19p-cluster00363 COG0012 [J]GTP-binding protein1089                *                                                
20p-cluster00737 COG0193 [J]peptidyl-tRNA hydrolase582                *                                                
21p-cluster00914 COG1666 [S]nucleotide-binding protein489                                                                 
22p-cluster00453 COG0560 [E]phosphoserine phosphatase978          *                                                      
23p-cluster00742 COG3726 [R]hemolysin regulation protein AhpA675        * *     *                                                
24p-cluster01070 Uncategoriziedhypothetical protein117                                                                 
25p-cluster01076 COG0268 [J]30S ribosomal protein S20261          *                                                      
26p-cluster00144 COG0728 [R]multidrug transporter MurJ1575        *       *                                                
27p-cluster06486 COG0196 [H]FMN adenylyltransferase1017          *   *               *                                  
28p-cluster02061 Uncategoriziedhypothetical protein240        * *   *                                                  
29p-cluster01858 Uncategoriziedhypothetical protein246        *     *               *   *                              
30p-cluster00016 COG0060 [J]valine--tRNA ligase2862        * *   *                 * *         *         *          
31p-cluster39868 COG0060 [J]isoleucine--tRNA ligase1251      *         *                                                
32p-cluster39874 COG0060 [J]isoleucine--tRNA ligase1494      *                                                          
33p-cluster00910 COG0597 [MU]peptidase A8504          *     *               * *                              
34p-cluster00481 COG0761 [IM]4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphos942        * *   * *   *         * * *                              
35p-cluster15362 Uncategoriziedhypothetical protein207                                                                 
36p-cluster00863 Uncategoriziedhypothetical protein153                                                                 
37p-cluster09982 COG1555 [L]competence protein ComE327        * *     *             *                         *        
38p-cluster01736 COG0127 [F]non-canonical purine NTP pyrophosph678                *                                       *        
39p-cluster01039 COG0393 [S]hypothetical protein321                *                                                
40p-cluster00225 COG0635 [H]coproporphyrinogen III oxidase1365                                                                 
41p-cluster39667 COG0635 [H]HemN family oxidoreductase684                *                                                
42p-cluster00760 COG0120 [G]ribose-5-phosphate isomerase A654                                  *                              
43p-cluster00422 COG0111 [HE]3-phosphoglycerate dehydrogenase1230        * *   * *                 *                              
44p-cluster04956 Uncategoriziedhypothetical protein135                                                                 
45p-cluster01523 COG0614 [P]peptide ABC transporter substrate-b1050        * *     *                                                
46p-cluster39511 COG0614 [P]iron chelatin ABC transporter perip669                                                                 
47p-cluster01650 COG0800 [G]2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate a639                                                                 
48p-cluster01722 COG1904 [G]glucuronate isomerase1401          *                                                      
49p-cluster01639 COG1028 [IQR]dioxygenase846        *     *                   *                              
50p-cluster39801 COG1028 [IQR]hypothetical protein213              *                                                  

Please send any comment/suggestion to kitticho@uw.edu
Compatible browswer

tumblr site counter

 

Gene Completeness

>=100%
=70%
<70%

: Similar sequence present
: Not present

* : Within 300 bp from ends
F : Possible frameshift
I : Island genes