aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

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1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


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# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster07422 Uncategoriziedhypothetical protein627*   * *     * * * * * * * *                                      
2p-cluster02337 Uncategoriziedhypothetical protein540                                                                 
3p-cluster39943 Uncategoriziedhypothetical protein402                                                                 
4p-cluster01849 Uncategoriziedhypothetical protein336        * *   *                                                  
5p-cluster01749 COG2249 [R]NAD(P)H dehydrogenase549                                                                 
6p-cluster02334 COG0583 [K]LysR family transcriptional regulat399                                                                 
7p-cluster14433 Uncategoriziedhypothetical protein129                                                                 
8p-cluster06256 Uncategoriziedrecombinase RecA237                                                                 
9p-cluster00122 COG1299 [G]PTS system fructose-specific transp1662                                                                 
10p-cluster00487 COG1105 [G]1-phosphofructokinase939                                                                 
11p-cluster00158 COG1925 [G]bifunctional PTS system fructose-sp1536                                                                 
12p-cluster00477 Uncategoriziedhypothetical protein537                                                                 
13p-cluster00832 COG0746 [H]molybdenum cofactor guanylyltransfe582          *                       *                              
14p-cluster01063 COG3084 [S]hypothetical protein264        * *   *                                                  
15p-cluster00801 COG0526 [OC]thiol:disulfide interchange protein615        * *   *                   *                              
16p-cluster08897 COG3085 [S]hypothetical protein327                                                                 
17p-cluster00359 COG2265 [J]tRNA (uracil-5-)-methyltransferase1095                                                                 
18p-cluster00665 COG0500 [QR]DNA polymerase I756        *                                                        
19p-cluster02273 Uncategoriziedsignal peptide protein1773*   * * * * * * * * * *   *       *                           *  
20p-cluster14938 Uncategoriziedhypothetical protein303        *       *                                                
21rrna-cluster00011 Uncategorizied5S ribosomal RNA116*   * *   * * * * * * * * * * * * * *     * * * *   * * * * * *  
22p-cluster04676 Uncategoriziedhypothetical protein159                              *                                  
23rrna-cluster00001 Uncategorizied23S ribosomal RNA3058*   * * *   * * * * * * * * * * * *       * * * *   * * * * * *  
24p-cluster14308 Uncategoriziedhypothetical protein231                    *     *                                      
25p-cluster00179 COG2271 [G]glycerol-3-phosphate transporter1461          * * * * *   *     *     *                              
26p-cluster39825 COG2271 [G]membrane protein657        * *