aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

Keyword search
Search for
Also include clusters with significant sequence similarity
Also include clusters containing upstream and downstream genes (Must sort rows by Gene position in a genome first)

BLAST search
Sequence type

Row sorting and cell coloring options
Sort rows by Order rows in
Color cells by Display rows

Row filtering options
 Show COG of type
 Show clusters with minimum expected length of bp
Show clusters containing genes near the ends of contigs
Show clusters containing genes with frameshift mutation

Display column
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


<< Prev    Next >>
First Page    Last Page
Go to page   / 75  

# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster01489 COG1629 [P]ligand-gated channel protein3075        *             *     *     *                              
2p-cluster14395 COG0576 [O]molecular chaperone GrpE576        * *                 *                                    
3p-cluster00510 COG0061 [G]inorganic polyphosphate kinase915          *                                                      
4p-cluster00124 COG0497 [L]recombinase1677          *                       *                              
5p-cluster02005 COG3047 [M]membrane protein645        * *   *                   *                              
6p-cluster14115 Uncategoriziedhypothetical protein207                                                                 
7p-cluster01541 Uncategoriziedbeta-methylgalactoside transporter759          *   *                   *                              
8p-cluster00864 COG2917 [D]septation protein A549        * *                                                      
9p-cluster00932 COG1607 [I]acyl-CoA thioester hydrolase468                    *                                            
10p-cluster01059 COG2350 [S]hypothetical protein294        * *   * *   *         *   *                              
11p-cluster05982 COG0741 [M]septation protein A2235        * *     *   *       * *   *                              
12p-cluster11720 COG0744 [M]peptidoglycan transglycosylase771        *     *                   *             *                
13p-cluster11720 COG0744 [M]peptidoglycan transglycosylase771        *     *                   *             *                
14p-cluster02076 Uncategoriziedhypothetical protein198        *                                                        
15p-cluster01857 Uncategoriziedhypothetical protein258                                                      *          
16trna-cluster00019 UncategoriziedtRNA-Leu86              * *                                                
17p-cluster07289 COG1314 [U]preprotein translocase subunit SecG348              * *                 *                              
18p-cluster04438 Uncategoriziedhypothetical protein129                                                                 
19p-cluster00027 COG0550 [L]DNA topoisomerase I2604        * * *   *                                       *        
20p-cluster39505 COG0550 [L]hypothetical protein561                *                                                
21p-cluster39763 COG0550 [L]hypothetical protein489                *                                                
22p-cluster00819 COG0353 [L]recombination protein RecR600                            *                                    
23p-cluster01566 COG0718 [S]hypothetical protein465          *                 *                                    
24p-cluster39434 COG0614 [P]iron-dicitrate transporter substrat891                                                                 
25p-cluster00465 COG0609 [P]iron-dicitrate transporter permease987                                                                 
26p-cluster00677 COG1120 [PH]hypothetical protein1704        * *   * *                 *                   *          
27p-cluster00677 COG1120 [PH]hypothetical protein1704        * *   * *                 *                   *          
28p-cluster01918 COG1120 [PH]hypothetical protein246                                                                 
29p-cluster39925 COG1190 [J]elongation factor P--(R)-beta-lysin969        * *                                                      
30p-cluster14392 COG1053 [C]fumarate reductase1812        * *                       *                              
31p-cluster14392 COG1053 [C]fumarate reductase1812        * *                       *                              
32p-cluster00996 COG3029 [C]fumarate reductase390                *                                                
33p-cluster01026 COG3080 [C]fumarate reductase342                *                                                
34p-cluster00057 COG1092 [R]23S rRNA methyltransferase2160        * *   *                   *                              
35p-cluster00411 COG1064 [R]alcohol dehydrogenase1026        * *   *                   *                              
36p-cluster01517 COG1373 [R]ATPase1212        * *                       *                              
37p-cluster02604 COG0603 [R]7-cyano-7-deazaguanine synthase702        * *                       *                              
38p-cluster00940 Uncategoriziedhypothetical protein462                                                                 
39p-cluster00593 Uncategoriziedhypothetical protein825          *                                                      
40p-cluster00597 COG1409 [R]3,5-cyclic-nucleotide phosphodieste822        * *                                                      
41p-cluster00796 COG0494 [LR]ADP-ribose pyrophosphatase621          *                                                      
42p-cluster00740 COG1876 [M]peptidase M15684          *     *                                                
43p-cluster15403 COG1876 [M]D-Ala-D-Ala carboxypeptidase138                *                                                
44p-cluster01226 COG0624 [E]succinyl-diaminopimelate desuccinyl1131                                                                 
45p-cluster01012 COG1393 [P]succinyl-diaminopimelate desuccinyl369          *                                                      
46p-cluster00086 COG0326 [O]heat shock protein 901881        * *   *                   *                              
47p-cluster01619 COG0077 [E]bifunctional chorismate mutase/prep1161        * *   *                   *                              
48p-cluster00506 COG0774 [M]UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acet915          *   *                   *                              
49p-cluster00274 COG0206 [D]cell division protein FtsZ1281          *                       *                              
50p-cluster00275 COG0849 [D]cell division protein FtsA1278                                  *                              

Please send any comment/suggestion to kitticho@uw.edu
Compatible browswer

tumblr site counter

 

Gene Completeness

>=100%
=70%
<70%

: Similar sequence present
: Not present

* : Within 300 bp from ends
F : Possible frameshift
I : Island genes