aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

Keyword search
Search for
Also include clusters with significant sequence similarity
Also include clusters containing upstream and downstream genes (Must sort rows by Gene position in a genome first)

BLAST search
Sequence type

Row sorting and cell coloring options
Sort rows by Order rows in
Color cells by Display rows

Row filtering options
 Show COG of type
 Show clusters with minimum expected length of bp
Show clusters containing genes near the ends of contigs
Show clusters containing genes with frameshift mutation

Display column
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


<< Prev    Next >>
First Page    Last Page
Go to page   / 75  

# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster00458 COG0583 [K]CysB family transcriptional regulat969*   *   * * * * * * * * * *       *                   *          
2p-cluster39872 COG0583 [K]LysR family transcriptional regulat786      *                                                          
3p-cluster00184 COG0471 [P]permease1467      * * * * * *                 *                   * *        
4p-cluster01372 COG0406 [G]phosphoglycerate mutase639        * *   * *                 *                              
5p-cluster12952 COG2183 [K]hypothetical protein282        * *                       *                              
6p-cluster00923 COG0782 [K]transcription elongation factor Gre480        * *               *       *                              
7p-cluster02842 Uncategoriziedhypothetical protein189          *                                                      
8p-cluster00823 COG1595 [K]RNA polymerase sigma factor597        * *   *                   *                              
9p-cluster01457 Uncategoriziedhypothetical protein303    *     *   *                                       *          
10p-cluster03661 COG1738 [S]hypothetical protein738        * *   *                   *                   *          
11p-cluster00279 COG3071 [H]heme biosynthesis protein HemY1278                *                                                
12p-cluster00211 COG2959 [H]HemX protein1383          *     *                                                
13p-cluster01335 COG1587 [H]uroporphyrinogen-III synthase744          *     *                                                
14p-cluster01277 COG0181 [H]porphobilinogen deaminase1044                *                                                
15p-cluster00031 COG3072 [F]adenylate cyclase2499          *     *                                                
16p-cluster39914 COG2197 [TK]nitrate/nitrite response regulator627          *     *                                                
17p-cluster01146 COG0729 [M]membrane protein1857                *                                                
18p-cluster00006 COG2911 [S]tubulin-binding protein3900        *       *                                                
19p-cluster00148 COG0248 [FP]exopolyphosphatase1545        *                   *                                    
20p-cluster00136 COG1866 [C]phosphoenolpyruvate carboxykinase1614        * *     *           *     *                              
21p-cluster00770 Uncategoriziedmembrane protein642        *                                                        
22p-cluster01636 COG2816 [L]NADH pyrophosphatase873        * *                     * *                              
23p-cluster00384 COG0407 [H]uroporphyrinogen decarboxylase1062                                                                 
24p-cluster00827 COG3068 [S]hypothetical protein591          *                       *                              
25p-cluster01454 COG0776 [L]integration host factor subunit alp294        * *