aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

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1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


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# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster02044 Uncategoriziedhypothetical protein579*   * *     * * * * * * * *                                      
2p-cluster39775 Uncategoriziedhypothetical protein126                *                                                
3p-cluster00601 Uncategoriziedhypothetical protein3090    * * * * * * *   * * * *                                      
4p-cluster00165 Uncategoriziedhypothetical protein1044    * * * * * * * * *     *                                      
5p-cluster00165 Uncategoriziedhypothetical protein1044    * * * * * * * * *     *                                      
6p-cluster39802 Uncategoriziedhypothetical protein102              *     *                                            
7p-cluster00840 COG0521 [H]molybdenum cofactor biosynthesis pr579        * *   *       * * *       *                   *       *  
8p-cluster39765 COG0521 [H]hypothetical protein171                *                                                
9p-cluster01276 COG0575 [I]phosphatidate cytidylyltransferase927                *                                                
10p-cluster01553 COG0204 [I]acyltransferase630                *               *                                
11p-cluster02081 COG0204 [I]acyltransferase219                                                                 
12p-cluster01378 COG0558 [I]CDP-alcohol phosphatidyltransferase606                *               *                                
13p-cluster01502 COG0471 [P]citrate transporter1866                                                                 
14p-cluster00821 COG0164 [L]ribonuclease HII597                                                                 
15p-cluster00317 COG0763 [M]lipid-A-disaccharide synthase1182                                                                 
16p-cluster05012 Uncategoriziedhypothetical protein126                                                                 
17p-cluster00415 COG1044 [M]UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl) glucos1020        * *     *                                                
18p-cluster00952 COG0764 [I]3-hydroxyacyl-ACP dehydratase474        * *                                                      
19p-cluster00415 COG1044 [M]UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl) glucos1020        * *     *                                                
20p-cluster00844 COG2825 [M]Omp1-like protein576                            *     *                              
21p-cluster01128 COG4775 [M]outer membrane protein assembly com2409          *                 *     *                              
22p-cluster00242 COG0750 [M]zinc metallopeptidase RseP1332          *                                                      
23p-cluster00558 COG0575 [I]phosphatidate cytidylyltransferase867                      *                                          
24p-cluster03598 COG0020 [I]UDP pyrophosphate synthase717          *           *                                          
25p-cluster39645 COG0020 [I]di-trans,poly-cis-decaprenylcistran156                      *                                          
26p-cluster00271 COG0743 [I]1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate redu1281          * *   *         *     *