aa_ha Gene Table Build 14_10_01 [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

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1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
Show genes only present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) D17P-3new
2) D7S-1new
3) H5P-1new
4) I63Bnew
5) SA508
6) SA3733
7) SA3033
8) SA269
9) SA2200
10) D18P-1new
11) SC29R
12) SA2876
13) SCC393new
14) A160new
15) SC936
16) SC1083
17) SA3096
18) ANH9776
19) RHAAInew
20) HK1651new
21) ANH9381gb
22) SCC1398new
23) SCC4092new
24) I23Cnew
25) S23Anew
26) D11S-1new
27) D17P-2new
28) SA2149
29) SC383s
30) SCC2302new
31) AAS4anew
32) ATCC33389new
33) NJ8700new


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# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Serotype-a D17P3 New

Serotype-a D7S-1 New

Serotype-a H5P1 New

Serotype-d I63B New

Serotype-d SA508

Serotype-d SA3733

Serotype-d SA3033

Serotype-d SA269

Serotype-d SA2200

Serotype-f D18P1 New

Serotype-f SC29R

Serotype-e SA2876

Serotype-e SCC393 New

Serotype-e A160 New

Serotype-e SC936

Serotype-e SC1083

Serotype-e SA3096

Serotype-e ANH9776

Serotype-b RHAA1 New

Serotype-b HK1651 New

Serotype-b ANH9381 Genbank

Serotype-b SCC1398 New

Serotype-b SCC4092 New

Serotype-b I23C New

Serotype-b S23A New

Serotype-c D11S-1 New

Serotype-c D17P2 New

Serotype-c SA2149

Serotype-c SC383s

Serotype-c SCC2302 New

Serotype-c AAS4A New

ATCC33389 New

NJ8700 New

1p-cluster00001 Uncategoriziedtransposase ISPsy8477        * * *   *     * *         *         *       * * *   *    
2p-cluster00002 Uncategoriziedsignal peptide protein387              *                                                  
3p-cluster00004 COG0086 [K]DNA-directed RNA polymerase subunit4266          *   * *     *                   * * * *   * * * * *    
4p-cluster00005 COG0085 [K]DNA-directed RNA polymerase subunit4026          *                       *                              
5p-cluster00006 COG2911 [S]tubulin-binding protein3900        *       *                                                
6p-cluster00007 COG1197 [LK]transcription-repair coupling facto3468          *     *                                                
7p-cluster00008 COG0587 [L]DNA polymerase III subunit alpha3474                *                           *                    
8p-cluster00009 COG1330 [L]exodeoxyribonuclease V subunit gamm3414                                                                 
9p-cluster00010 COG0841 [V]transporter3096                                                                 
10p-cluster00011 UncategoriziedLeukotoxin A (LktA)3165        * *   *                 * *                              
11p-cluster00012 COG0178 [L]excinuclease ABC subunit A2901*   * * * * * * * * *             *       * * * *                
12p-cluster00013 COG1391 [OT]glutamine-synthetase adenylyltransf2931          *     *                 *                       *      
13p-cluster00014 COG0567 [C]2-oxoglutarate dehydrogenase2886      *           *                                              
14p-cluster00015 COG0258 [L]DNA polymerase I2799        *       *                                                
15p-cluster00016 COG0060 [J]valine--tRNA ligase2862        * *   *                 * *         *         *          
16p-cluster00018 COG0653 [U]preprotein translocase subunit SecA2700          *   * *                                                
17p-cluster00019 Uncategoriziedhypothetical protein999                                                                 
18p-cluster00020 COG0188 [L]DNA gyrase subunit A2673          *   *             *   * *                              
19p-cluster00021 COG2609 [C]pyruvate dehydrogenase2679        * *   *     *             *                              
20p-cluster00022 COG3008 [R]hypothetical protein2655                *                         *                      
21p-cluster00023 COG1629 [P]ligand-gated channel protein2625        * *   *                 * *                              
22p-cluster00024 COG0013 [J]alanyl-tRNA synthetase2622          *                       *             *                
23p-cluster00025 COG1454 [C]acetaldehyde dehydrogenase2619        * *   *                   *                              
24p-cluster00026 COG0308 [E]aminopeptidase N2607        * *     *                 *                              
25p-cluster00027 COG0550 [L]DNA topoisomerase I2604        * * *   *                                       *        
26p-cluster00028 COG0249 [L]DNA mismatch repair protein MutS2598      * * *   * *                 *