p_acne Gene Table Build 13_04_26.development [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

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1) 31N
2) 30N
3) HL044PA1
4) HL037PA3
5) HL037PA2
6) p08
7) 28N
8) HL110PA4
9) HL110PA3
10) J139
11) ATCC11828
12) HL050PA2
13) HL001PA1
14) HL082PA2
15) HL060PA1
16) HL103PA1
17) 6609
18) KPA171202
19) HL030PA1
20) HL078PA1
21) SK137
22) HL083PA1
23) HL096PA2
24) HL074PA1
25) HL043PA1
26) HL056PA1
27) HL053PA1
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30) HL007PA1
31) HL005PA1
32) HL038PA1
33) HL036PA3
34) HL036PA1
35) HL036PA2
36) HL002PA2
37) HL046PA2
38) HL002PA3
39) HL087PA2
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41) HL072PA2
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51) HL097PA1
52) HL063PA2
53) HL030PA2
54) HL037PA1
55) HL087PA3
56) HL087PA1
57) HL050PA3
58) HL050PA1
59) HL083PA2
60) HL059PA2
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71) HL053PA2
72) HL110PA1
73) HL092PA1
74) HL110PA2
75) HL025PA1
Show genes only present in
1) 31N
2) 30N
3) HL044PA1
4) HL037PA3
5) HL037PA2
6) p08
7) 28N
8) HL110PA4
9) HL110PA3
10) J139
11) ATCC11828
12) HL050PA2
13) HL001PA1
14) HL082PA2
15) HL060PA1
16) HL103PA1
17) 6609
18) KPA171202
19) HL030PA1
20) HL078PA1
21) SK137
22) HL083PA1
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35) HL036PA2
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40) J165
41) HL072PA2
42) HL072PA1
43) HL063PA1
44) HL013PA2
45) HL020PA1
46) HL027PA2
47) HL005PA2
48) HL005PA3
49) HL096PA3
50) HL086PA1
51) HL097PA1
52) HL063PA2
53) HL030PA2
54) HL037PA1
55) HL087PA3
56) HL087PA1
57) HL050PA3
58) HL050PA1
59) HL083PA2
60) HL059PA2
61) HL059PA1
62) HL025PA2
63) HL046PA1
64) HL027PA1
65) HL002PA1
66) HL005PA4
67) HL013PA1
68) HL067PA1
69) SK187
70) HL082PA1
71) HL053PA2
72) HL110PA1
73) HL092PA1
74) HL110PA2
75) HL025PA1
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) 31N
2) 30N
3) HL044PA1
4) HL037PA3
5) HL037PA2
6) p08
7) 28N
8) HL110PA4
9) HL110PA3
10) J139
11) ATCC11828
12) HL050PA2
13) HL001PA1
14) HL082PA2
15) HL060PA1
16) HL103PA1
17) 6609
18) KPA171202
19) HL030PA1
20) HL078PA1
21) SK137
22) HL083PA1
23) HL096PA2
24) HL074PA1
25) HL043PA1
26) HL056PA1
27) HL053PA1
28) HL045PA1
29) HL043PA2
30) HL007PA1
31) HL005PA1
32) HL038PA1
33) HL036PA3
34) HL036PA1
35) HL036PA2
36) HL002PA2
37) HL046PA2
38) HL002PA3
39) HL087PA2
40) J165
41) HL072PA2
42) HL072PA1
43) HL063PA1
44) HL013PA2
45) HL020PA1
46) HL027PA2
47) HL005PA2
48) HL005PA3
49) HL096PA3
50) HL086PA1
51) HL097PA1
52) HL063PA2
53) HL030PA2
54) HL037PA1
55) HL087PA3
56) HL087PA1
57) HL050PA3
58) HL050PA1
59) HL083PA2
60) HL059PA2
61) HL059PA1
62) HL025PA2
63) HL046PA1
64) HL027PA1
65) HL002PA1
66) HL005PA4
67) HL013PA1
68) HL067PA1
69) SK187
70) HL082PA1
71) HL053PA2
72) HL110PA1
73) HL092PA1
74) HL110PA2
75) HL025PA1


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# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Propionibacterium humerusii 31N

Propionibacterium humerusii 30N

Propionibacterium humerusii HL044PA1

Propionibacterium humerusii HL037PA3

Propionibacterium humerusii HL037PA2

Propionibacterium humerusii p08

Propionibacterium humerusii 28N

Propionibacterium acnes HL110PA4

Propionibacterium acnes HL110PA3

Propionibacterium acnes J139

Propionibacterium acnes ATCC11828

Propionibacterium acnes HL050PA2

Propionibacterium acnes HL001PA1

Propionibacterium acnes HL082PA2

Propionibacterium acnes HL060PA1

Propionibacterium acnes HL103PA1

Propionibacterium acnes 6609

Propionibacterium acnes KPA171202

Propionibacterium acnes HL030PA1

Propionibacterium acnes HL078PA1

Propionibacterium acnes SK137

Propionibacterium acnes HL083PA1

Propionibacterium acnes HL096PA2

Propionibacterium acnes HL074PA1

Propionibacterium acnes HL043PA1

Propionibacterium acnes HL056PA1

Propionibacterium acnes HL053PA1

Propionibacterium acnes HL045PA1

Propionibacterium acnes HL043PA2

Propionibacterium acnes HL007PA1

Propionibacterium acnes HL005PA1

Propionibacterium acnes HL038PA1

Propionibacterium acnes HL036PA3

Propionibacterium acnes HL036PA1

Propionibacterium acnes HL036PA2

Propionibacterium acnes HL002PA2

Propionibacterium acnes HL046PA2

Propionibacterium acnes HL002PA3

Propionibacterium acnes HL087PA2

Propionibacterium acnes J165

Propionibacterium acnes HL072PA2

Propionibacterium acnes HL072PA1

Propionibacterium acnes HL063PA1

Propionibacterium acnes HL013PA2

Propionibacterium acnes HL020PA1

Propionibacterium acnes HL027PA2

Propionibacterium acnes HL005PA2

Propionibacterium acnes HL005PA3

Propionibacterium acnes HL096PA3

Propionibacterium acnes HL086PA1

Propionibacterium acnes HL097PA1

Propionibacterium acnes HL063PA2

Propionibacterium acnes HL030PA2

Propionibacterium acnes HL037PA1

Propionibacterium acnes HL087PA3

Propionibacterium acnes HL087PA1

Propionibacterium acnes HL050PA3

Propionibacterium acnes HL050PA1

Propionibacterium acnes HL083PA2

Propionibacterium acnes HL059PA2

Propionibacterium acnes HL059PA1

Propionibacterium acnes HL025PA2

Propionibacterium acnes HL046PA1

Propionibacterium acnes HL027PA1

Propionibacterium acnes HL002PA1

Propionibacterium acnes HL005PA4

Propionibacterium acnes HL013PA1

Propionibacterium acnes HL067PA1

Propionibacterium acnes SK187

Propionibacterium acnes HL082PA1

Propionibacterium acnes HL053PA2

Propionibacterium acnes HL110PA1

Propionibacterium acnes HL092PA1

Propionibacterium acnes HL110PA2

Propionibacterium acnes HL025PA1

1p-cluster103835 COG0296 [G]1,4-alpha-glucan branching enzyme1956                                                                                                                                                     
2p-cluster03711 COG1575 [H]1,4-dihydroxy-2-naphthoate octapren888              * *         *               *     *         *                                                                 *                        
3p-cluster00759 COG0743 [I]1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate redu1224              * *     *                                                                                                                              
4p-cluster222533 COG1154 [HI]1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synt1938                                                                                                                                                     
5p-cluster00020 COG0234 [O]10 kDa chaperonin297                                                                                                                                                     
6rrna-cluster259803 Uncategorizied16S ribosomal RNA1534    *         *       * * * *         *   *   * * *     *   *   *               *     *   * *     *   * * *     * *     *         *       * * * * *  
7p-cluster102258 COG0357 [M]16S rRNA methyltransferase GidB672                                                                                                                                                     
8p-cluster103284 COG0806 [J]16S rRNA processing protein RimM543                                                                                                                                                     
9p-cluster01751 COG0071 [O]18 kDa antigen 2459                                                                                                                                                     
10p-cluster115380 COG2171 [E]2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dica1017                                                                                                                                                     
11p-cluster264208 COG0801 [H]2-amino-4-hydroxy-6- hydroxymethyld576                                                                                                                                                     
12p-cluster274656 Uncategorizied2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate897