p_acne Gene Table Build 13_04_26.development [A quick tutorial]

Citation
Kittichotirat W, Bumgarner RE, Asikainen S, Chen C, 2011
Identification of the Pangenome and Its Components in 14 Distinct Aggregatibacter actinomycetemcomitans Strains by Comparative Genomic Analysis
PLoS ONE 6(7): e22420. doi:10.1371/journal.pone.0022420

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1) 31N
2) 30N
3) HL044PA1
4) HL037PA3
5) HL037PA2
6) p08
7) 28N
8) HL110PA4
9) HL110PA3
10) J139
11) ATCC11828
12) HL050PA2
13) HL001PA1
14) HL082PA2
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18) KPA171202
19) HL030PA1
20) HL078PA1
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23) HL096PA2
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29) HL043PA2
30) HL007PA1
31) HL005PA1
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33) HL036PA3
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38) HL002PA3
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51) HL097PA1
52) HL063PA2
53) HL030PA2
54) HL037PA1
55) HL087PA3
56) HL087PA1
57) HL050PA3
58) HL050PA1
59) HL083PA2
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68) HL067PA1
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71) HL053PA2
72) HL110PA1
73) HL092PA1
74) HL110PA2
75) HL025PA1
Show genes only present in
1) 31N
2) 30N
3) HL044PA1
4) HL037PA3
5) HL037PA2
6) p08
7) 28N
8) HL110PA4
9) HL110PA3
10) J139
11) ATCC11828
12) HL050PA2
13) HL001PA1
14) HL082PA2
15) HL060PA1
16) HL103PA1
17) 6609
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19) HL030PA1
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26) HL056PA1
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28) HL045PA1
29) HL043PA2
30) HL007PA1
31) HL005PA1
32) HL038PA1
33) HL036PA3
34) HL036PA1
35) HL036PA2
36) HL002PA2
37) HL046PA2
38) HL002PA3
39) HL087PA2
40) J165
41) HL072PA2
42) HL072PA1
43) HL063PA1
44) HL013PA2
45) HL020PA1
46) HL027PA2
47) HL005PA2
48) HL005PA3
49) HL096PA3
50) HL086PA1
51) HL097PA1
52) HL063PA2
53) HL030PA2
54) HL037PA1
55) HL087PA3
56) HL087PA1
57) HL050PA3
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59) HL083PA2
60) HL059PA2
61) HL059PA1
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66) HL005PA4
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68) HL067PA1
69) SK187
70) HL082PA1
71) HL053PA2
72) HL110PA1
73) HL092PA1
74) HL110PA2
75) HL025PA1
All genomes (Core genes)
Some genomes (Variable genes)

Show genes not present in
1) 31N
2) 30N
3) HL044PA1
4) HL037PA3
5) HL037PA2
6) p08
7) 28N
8) HL110PA4
9) HL110PA3
10) J139
11) ATCC11828
12) HL050PA2
13) HL001PA1
14) HL082PA2
15) HL060PA1
16) HL103PA1
17) 6609
18) KPA171202
19) HL030PA1
20) HL078PA1
21) SK137
22) HL083PA1
23) HL096PA2
24) HL074PA1
25) HL043PA1
26) HL056PA1
27) HL053PA1
28) HL045PA1
29) HL043PA2
30) HL007PA1
31) HL005PA1
32) HL038PA1
33) HL036PA3
34) HL036PA1
35) HL036PA2
36) HL002PA2
37) HL046PA2
38) HL002PA3
39) HL087PA2
40) J165
41) HL072PA2
42) HL072PA1
43) HL063PA1
44) HL013PA2
45) HL020PA1
46) HL027PA2
47) HL005PA2
48) HL005PA3
49) HL096PA3
50) HL086PA1
51) HL097PA1
52) HL063PA2
53) HL030PA2
54) HL037PA1
55) HL087PA3
56) HL087PA1
57) HL050PA3
58) HL050PA1
59) HL083PA2
60) HL059PA2
61) HL059PA1
62) HL025PA2
63) HL046PA1
64) HL027PA1
65) HL002PA1
66) HL005PA4
67) HL013PA1
68) HL067PA1
69) SK187
70) HL082PA1
71) HL053PA2
72) HL110PA1
73) HL092PA1
74) HL110PA2
75) HL025PA1


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# Cluster ID COG Function Annotation Expected gene Length (bp)

Propionibacterium humerusii 31N

Propionibacterium humerusii 30N

Propionibacterium humerusii HL044PA1

Propionibacterium humerusii HL037PA3

Propionibacterium humerusii HL037PA2

Propionibacterium humerusii p08

Propionibacterium humerusii 28N

Propionibacterium acnes HL110PA4

Propionibacterium acnes HL110PA3

Propionibacterium acnes J139

Propionibacterium acnes ATCC11828

Propionibacterium acnes HL050PA2

Propionibacterium acnes HL001PA1

Propionibacterium acnes HL082PA2

Propionibacterium acnes HL060PA1

Propionibacterium acnes HL103PA1

Propionibacterium acnes 6609

Propionibacterium acnes KPA171202

Propionibacterium acnes HL030PA1

Propionibacterium acnes HL078PA1

Propionibacterium acnes SK137

Propionibacterium acnes HL083PA1

Propionibacterium acnes HL096PA2

Propionibacterium acnes HL074PA1

Propionibacterium acnes HL043PA1

Propionibacterium acnes HL056PA1

Propionibacterium acnes HL053PA1

Propionibacterium acnes HL045PA1

Propionibacterium acnes HL043PA2

Propionibacterium acnes HL007PA1

Propionibacterium acnes HL005PA1

Propionibacterium acnes HL038PA1

Propionibacterium acnes HL036PA3

Propionibacterium acnes HL036PA1

Propionibacterium acnes HL036PA2

Propionibacterium acnes HL002PA2

Propionibacterium acnes HL046PA2

Propionibacterium acnes HL002PA3

Propionibacterium acnes HL087PA2

Propionibacterium acnes J165

Propionibacterium acnes HL072PA2

Propionibacterium acnes HL072PA1

Propionibacterium acnes HL063PA1

Propionibacterium acnes HL013PA2

Propionibacterium acnes HL020PA1

Propionibacterium acnes HL027PA2

Propionibacterium acnes HL005PA2

Propionibacterium acnes HL005PA3

Propionibacterium acnes HL096PA3

Propionibacterium acnes HL086PA1

Propionibacterium acnes HL097PA1

Propionibacterium acnes HL063PA2

Propionibacterium acnes HL030PA2

Propionibacterium acnes HL037PA1

Propionibacterium acnes HL087PA3

Propionibacterium acnes HL087PA1

Propionibacterium acnes HL050PA3

Propionibacterium acnes HL050PA1

Propionibacterium acnes HL083PA2

Propionibacterium acnes HL059PA2

Propionibacterium acnes HL059PA1

Propionibacterium acnes HL025PA2

Propionibacterium acnes HL046PA1

Propionibacterium acnes HL027PA1

Propionibacterium acnes HL002PA1

Propionibacterium acnes HL005PA4

Propionibacterium acnes HL013PA1

Propionibacterium acnes HL067PA1

Propionibacterium acnes SK187

Propionibacterium acnes HL082PA1

Propionibacterium acnes HL053PA2

Propionibacterium acnes HL110PA1

Propionibacterium acnes HL092PA1

Propionibacterium acnes HL110PA2

Propionibacterium acnes HL025PA1

1p-cluster246579 COG0205 [G]6-phosphofructokinase2268* *     * * * * * *     * * *         *       *   *     *   *       * * * * * * * * * *   * * *   *   * * * * * * *   * * * * * * *   * *   * *      
2p-cluster124026 Uncategoriziedhypothetical protein123                                                                                                                                                     
3p-cluster02510 COG0171 [H]NAD synthetase2070                                                                                                                                                     
4p-cluster110348 Uncategoriziedhypothetical protein225                                                                                                                                                     
5p-cluster274943 UncategoriziedErfK/YbiS/YcfS/YnhG837                                                                                                                                                     
6p-cluster102344 Uncategoriziedconserved hypothetical protein555                                                                                                                                                     
7p-cluster06537 Uncategoriziedhypothetical protein408                                                                                                                                                     
8p-cluster02506 COG2606 [S]putative transcriptional regulator489                                                                                                                                                     
9p-cluster02505 COG0115 [EH]4-amino-4-deoxychorismate lyase873                                                                                                                                                     
10p-cluster03346 COG1309 [K]transcriptional regulator, TetR fam648                                                                                                                                                     
11p-cluster02503 COG0534 [V]MATE efflux family protein1347                                                                                                                                            *        
12p-cluster02502 Uncategoriziedputative ATPase involved in DNA rep2607                                                                                                                                            *        
13p-cluster262142 COG0420 [L]hypothetical protein1191                                                                                                                                                     
14p-cluster104672 Uncategoriziedhypothetical protein159                                                                                                                                                     
15p-cluster218812 COG1846 [K]MarR family transcriptional regulat891                                                                                                                                                     
16p-cluster88633 COG1113 [E]amino acid permease1671        * *   * *         * *         *       *   *     *   *       * * * * * * * * * *   * * *   *   * * * * * * *   * * * * * * *     *   *       *
17p-cluster61524 COG1113 [E]amino acid permease1446                                                                                                                                                     
18p-cluster238648 COG0038 [P]chloride transporter, ClC family pr2061                                                                                                                                            *        
19p-cluster238648 COG0038 [P]chloride transporter, ClC family pr2061                                                                                                                                            *        
20p-cluster25466 COG0111 [HE]putative glyoxylate reductase1254                                                                                                                                                     
21p-cluster02495 COG0578 [C]anaerobic glycerol-3-phosphate dehy1635                                                                                                                                                     
22p-cluster02494 COG3075 [E]anaerobic glycerol-3-phosphate dehy1344                                                                                                                                                     
23p-cluster02493 COG0247 [C]sn-glycerol-3-phosphate dehydrogena1251                                                                                                                                                     
24p-cluster102366 COG2094 [L]3-methyladenine DNA glycosylase606                                                                                                                                                     
25p-cluster235483 Uncategoriziedhypothetical protein372                                                                                                                                                     
26p-cluster02490 COG0604 [CR]zinc-binding dehydrogenase1011                                                                                                                                                     
27p-cluster02489 COG0305 [L]replicative DNA helicase1347                                                                                                                                                     
28p-cluster221515 Uncategoriziedhypothetical protein159                                                                                                                                                     
29p-cluster116329 COG1937 [S]heavy metal-associated domain prote771                                                                                                                                                     
30p-cluster116329 COG1937 [S]heavy metal-associated domain prote771                                                                                                                                                     
31p-cluster02486 COG2217 [P]cation-transporting ATPase2259                                                                                                                                                     
32p-cluster112724 Uncategoriziedhypothetical protein261                                                                                                                                                     
33p-cluster02485 COG0797 [M]lipoprotein A-like protein1194                                                                                                                                                     
34p-cluster102374 Uncategoriziedbacterial transcription activator, 486